Новосибирский монтажный техникум официальный сайт: НСМК – Официальный сайт колледжа

Содержание

Основные сведения – НСМК

Государственное бюджетное профессиональной образовательное учреждение Новосибирской области “Новосибирский строительно-монтажный колледж” (ГБПОУ НСО “НСМК”)  был организован в 1948 году в соответствии с постановлением Совета Министров СССР от 16 ноября 1946г. №3736.

В 1996г. Новосибирский монтажный техникум Министерства монтажных и специальных строительных работ СССР был переименован в Новосибирский монтажный техникум министерства строительства Российской Федерации.

На основании Приказа Федерального агентства по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству №323 от 17.12.2004г. Новосибирский монтажный техникум переименован в Федеральное государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Новосибирский монтажный техникум».

Чернореченский индустриальный техникум реорганизован в Филиал Новосибирского монтажного техникума приказом от 05.06.1995г. № 17-70 Министерства строительства РФ.

Филиал Новосибирского монтажного техникума переименован в Искитимский филиал ФГОУ СПО НМТ приказом от 27.02.2007г. № 40 Министерства строительства РФ.

Новосибирский учебный комбинат реорганизован путем присоединения к Новосибирскому монтажному техникуму Министерства строительства Российской Федерации на основании приказа Госстроя России от 06.07.2002г. № 127.

Во исполнении распоряжения Правительства Российской Федерации от 24.01.2005г. №64-р, приказа Федерального агентства по образованию от 14.02.2005г. №64, Федеральное государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Новосибирский монтажный техникум», передано в ведение Федерального агентства по образованию.

На основании Распоряжения Правительства Российской Федерации от 13.04.2010г. №526-р Федеральное государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Новосибирский монтажный техникум», передано в ведение Минобрнауки России.

В соответствии с распоряжением Правительства Новосибирской области № 1-рп от 18 января 2012г., распоряжениями Правительства РФ от 26.12.2011г. № 2359-р и от 29.12.2011г. № 2413-р, Федеральное государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Новосибирский монтажный колледж» принято в государственную собственность Новосибирской области и переименовано в государственное бюджетное образовательное учреждение среднего профессионального образования Новосибирской области «Новосибирский монтажный техникум».

На основании распоряжением Правительства Новосибирской области № 448-рп от 14 октября 2013г. “О переименовании… “, государственное бюджетное образовательное учреждение среднего профессионального образования Новосибирской области «Новосибирский монтажный техникум» переименовано в государственное бюджетное профессиональное образовательное учреждение Новосибирской области «Новосибирский строительно-монтажный колледж.

Распоряжением Правительства Новосибирской области от 21.09.2020 № 424-рп «О реорганизации государственного бюджетного профессионального образовательного учреждения Новосибирской области «Новосибирский строительно-монтажный колледж» в форме присоединения к нему государственного бюджетного профессионального образовательного учреждения Новосибирской области «Новосибирский электротехнический колледж» Учреждение реорганизовано в форме присоединения к нему государственного бюджетного профессионального образовательного учреждения Новосибирской области «Новосибирский электротехнический колледж».

Искитимский филиал Новосибирского строительно-монтажного колледжа

Высшее образование онлайн

Федеральный проект дистанционного образования.

Я б в нефтяники пошел!

Пройди тест, узнай свою будущую профессию и как её получить.

Химия и биотехнологии в РТУ МИРЭА

120 лет опыта подготовки

Международный колледж искусств и коммуникаций

МКИК — современный колледж

Английский язык

Совместно с экспертами Wall Street English мы решили рассказать об английском языке так, чтобы его захотелось выучить.

15 правил безопасного поведения в интернете

Простые, но важные правила безопасного поведения в Сети.

Олимпиады для школьников

Перечень, календарь, уровни, льготы.

Первый экономический

Рассказываем о том, чем живёт и как устроен РЭУ имени Г.В. Плеханова.

Билет в Голландию

Участвуй в конкурсе и выиграй поездку в Голландию на обучение в одной из летних школ Университета Радбауд.

Цифровые герои

Они создают интернет-сервисы, социальные сети, игры и приложения, которыми ежедневно пользуются миллионы людей во всём мире.

Работа будущего

Как новые технологии, научные открытия и инновации изменят ландшафт на рынке труда в ближайшие 20-30 лет

Профессии мечты

Совместно с центром онлайн-обучения Фоксфорд мы решили узнать у школьников, кем они мечтают стать и куда планируют поступать.

Экономическое образование

О том, что собой представляет современная экономика, и какие карьерные перспективы открываются перед будущими экономистами.

Гуманитарная сфера

Разговариваем с экспертами о важности гуманитарного образования и областях его применения на практике.

Молодые инженеры

Инженерные специальности становятся всё более востребованными и перспективными.

Табель о рангах

Что такое гражданская служба, кто такие госслужащие и какое образование является хорошим стартом для будущих чиновников.

Карьера в нефтехимии

Нефтехимия — это инновации, реальное производство продукции, которая есть в каждом доме.

Новосибирский строительно-монтажный колледж (проспект Дзержинского), Новосибирск: отзывы в интернете, адрес

Основная информация о компании

Координаты GPS:

82.947357     55.043002

Адрес:

Телефон:

+7 ХХХ ХХХ-ХХ-ХХ

+7 (383) 278‒33‒18

+7 ХХХ ХХХ-ХХ-ХХ

+7 (383) 278‒33‒17

+7 ХХХ ХХХ-ХХ-ХХ

+7 (383) 278‒32‒98

+7 ХХХ ХХХ-ХХ-ХХ

+7 (383) 278‒33‒19

Официальный сайт:

График работы:

Пн Вт Ср Чт Пт Сб

09:00 09:00 09:00 09:00 09:00 09:00

18:00 18:00 18:00 18:00 18:00 17:00

Виды деятельности

Учеба и работа

Карта проезда до организации

проспект Дзержинского, 1 к3

Ошибка? Отметка на карте показана неверно? Вы можете исправить ошибку в данных, указанных выше.

Сдерживание кандидатуры в результате дрейфа к однопартийному правлению

Г-н Миронов — союзник Путина, но он начал проводить различия, решительно выступая против партии г-на Путина, при этом обычно — хотя и не всегда — поддерживая самого г-на Путина. Было непонятно, почему Путин терпит это. Были предположения, что он думал, что конкуренция не позволит региональным кадрам «Единой России» успокоиться.

Как бы то ни было, такие люди, как г-жа Сафронова, устремились к «Справедливой России». Она стала региональным помощником г.Миронов. Для своей монтажной кампании она собрала команду волонтеров, которые помогали ей в антикоррупционной деятельности. Но они тоже подвергались давлению, особенно молодые мужчины.

34-летний Рустам Мамедов, владеющий строительным бизнесом, сказал, что присоединился к «Справедливой России», потому что его возмущали постоянные требования дать взятки городским властям. Он сказал, что за несколько недель до выборов ему регулярно угрожали представители «Единой России», а также полиция. Он вспомнил один телефонный звонок от чиновника, имя которого он не назвал.

«Он сказал мне, что если мы не прекратим нашу кампанию, у нас будут очень серьезные проблемы», — сказал г-н Мамедов. «Он ясно дал понять, что доставит нам неприятности с полицией по борьбе с наркотиками, подбросив нам наркотики, а затем арестовав нас. Вот что они обычно делают.

Как и другие участники кампании Сафроновой, г-н Мамедов не смягчился, но сказал, что ограничил свои передвижения по мере приближения выборов. Несмотря на то, что его обвинения не могли быть подтверждены независимо, такие рассказы были поддержаны другими волонтерами «Справедливой России», которые были опрошены отдельно.

«Единая Россия» была особенно возмущена тем, что ее соперник печатал сотни тысяч партийных газет, нацеленных на «Единую Россию» по таким базовым вопросам, как пенсии, коммунальные платежи, коррупция и цены на продукты питания. «Единая Россия — это бизнес», — писала одна газета. «Это бесстыдный, циничный и жадный бизнес, который ковыряет в карманах налогоплательщиков».

Полиция задержала сотрудников «Справедливой России», которые распространяли газеты, а молодежное крыло «Единой России» провело митинг на центральной площади Новосибирска, где выбросило копии газет в большой мусорный бак с надписью «Мусор, ложь, грязь.»

Премия« Новаторы в науке »| Нью-Йоркская академия наук

* Агентство по науке, технологиям и исследованиям (A * STAR), Сингапур
Казахский национальный университет им. Аль-Фараби, Казахстан
Американский университет Бейрута (АУБ), Ливан
Американский университет Шарджи, Объединенные Арабские Эмирейтс
Технологический институт Бандунга (ITB), Индонезия
Пекинский технологический институт, Китай
Пекинский педагогический университет, Китай
* Университет Читкара, Индия
Университет Чулалонгкорн, Таиланд
Городской университет Гонконга, Гонконг
Женский университет Ихва, Юг Корея
Университет Фудань, Китай
Институт науки и технологий Кванджу (GIST), Южная Корея
Университет Ханьян, Южная Корея
Технологический институт Харбина, Китай
Университет Хиросимы, Япония
Университет Хоккайдо, Япония
Баптистский университет Гонконга, Гонконг
Университет науки и технологий Хуачжун, Китай
HUFS — Университет иностранных языков Ханкук (Корея), Южная Кор ea
Индийский институт науки (IISc), Индия
Индийский технологический институт Бомбей (IITB), Индия
Индийский технологический институт Дели (IITD), Индия
Индийский технологический институт Канпур (IITK), Индия
Индийский технологический институт Харагпур (IIT-KGP), Индия
Индийский технологический институт в Мадрасе (IITM), Индия
Индийский технологический институт Рурки (IITR), Индия
KAIST — Корейский передовой институт науки и технологий, Южная Корея
Университет Кейо, Япония
Университет Халифа наук и технологий, Объединенные Арабские Эмираты
Университет короля Абдулазиза (КАУ), Саудовская Аравия
Университет нефти и полезных ископаемых имени короля Фахда, Саудовская Аравия
Университет Короля Сауда, Саудовская Аравия
* Университет Кобе, Япония
Университет Кореи, Южная Корея
Киото Университет, Япония
Университет Кён Хи, Южная Корея
Университет Кюсю, Япония
L.Евразийский национальный университет им. Н. Гумилева, Казахстан
Университет Махидол, Таиланд
Университет Нагоя, Япония
Нанкинский университет, Китай
Нанкайский университет, Китай
Наньянский технологический университет (NTU), Сингапур
* Национальный центр неврологии и психиатрии, Япония
National Cheng Университет Кунг (NCKU), Тайвань
Национальный университет Чиао Дунг, Тайвань
Национальный Тайваньский педагогический университет, Тайвань
Национальный Тайваньский университет (NTU), Тайвань
Национальный Тайваньский университет науки и технологий (Тайваньский технический университет), Тайвань
Национальный университет Цин Хуа, Тайвань
Национальный университет науки и технологий (NUST) Исламабад, Пакистан
Национальный университет Сингапура (NUS), Сингапур
Национальный университет Ян Мин, Тайвань
Университет Осаки, Япония
Пакистанский институт инженерных и прикладных наук (PIEAS), Пакистан
Пекинский университет, Китай
Pohang University of Science and Technology (POSTECH), South Корея
Катарский университет, Катар
* RIKEN, Япония
Сеульский национальный университет, Южная Корея
Шанхайский университет Цзяо Тонг, Китай
Шанхайский университет, Китай
Южный университет науки и технологий, Китай
Университет Султана Кабуса, Оман
Сунь Ят-сен Университет, Китай
Университет Сунгюнкван (SKKU), Южная Корея
Тайбэйский медицинский университет, Тайвань
Университет Тейлора, Малайзия
Технион — Израильский технологический институт, Израиль
Тель-Авивский университет, Израиль
Китайский университет Гонконга (CUHK), Гонконг Конг
Иерусалимский еврейский университет, Израиль
Гонконгский политехнический университет, Гонконг
Гонконгский университет науки и технологий, Гонконг
Гонконгский университет, Гонконг
Токийский университет, Япония
Тяньцзиньский университет, Китай
Университет Тохоку, Япония
Токийский технологический институт, Япония
Токийский медицинский и стоматологический университет (TMDU), Япония
* Токийский медицинский университет, Япония
Университет Тунцзи, Китай
Университет Цинхуа, Китай
Университет UCSI, Малайзия
Университет Объединенных Арабских Эмиратов, Объединенные Арабские Эмираты
Universitas Gadjah Mada, Индонезия
Universitas Indonesia, Индонезия
Universiti Бруней-Даруссалам, Бруней
Universiti Кебангсаан Малайзия (UKM), Малайзия
Universiti Malaya (UM), Малайзия
Universiti Putra Malaysia (UPM), Малайзия
Universiti Sains Malaysia (USM), Малайзия
Universiti Teknologi Brunei, Бруней
Universiti Teknologi Malaysia (UTM University
University), Малайзия
University Индонезия, Индонезия
Университет Макао, Макао
Университет науки и технологий Китая, Китай
Университет Филиппин, Филиппины
Университет Цукуба, Япония
Университет Васэда, Япония
* Научный институт Вейцмана
Уханьский университет, Китай
Сианьский университет Цзяотун, Китай
Университет Йонсей, Южная Корея
Чжэ Университет Цзян, Китай

Университет Ольборга, Дания
Университет Аалто, Финляндия
Орхусский университет, Дания
Московский государственный технический университет им. Баумана, Россия
Белорусский государственный университет, Беларусь
Биркбек, Лондонский университет, Великобритания
Университет Брунеля Лондон, Великобритания
Кардиффский университет, Великобритания
CentraleSupélec, Франция
Технологический университет Чалмерса, Швеция
Карлов университет, Чехия
Город, Лондонский университет, Великобритания
Мадридский университет Комплутенсе, Испания
Делфтский технологический университет, Нидерланды
Даремский университет, Соединенное Королевство Королевство
Eberhard Karls Universität Tübingen, Германия
École des Ponts ParisTech, France
École Normale Supérieure de Lyon, France
École Normale Supérieure Paris-Saclay, France
École Polytechnique, France
École Polytechnique de Lavenhora EP Технологический университет, N etherlands
* Медицинский центр Университета Эразма Роттердам, Нидерланды
Университет Эразма Роттердам, Нидерланды
ETH Zurich — Швейцарский федеральный технологический институт, Швейцария
* Лаборатория европейской молекулярной биологии
Freie Universität Берлин, Германия
Университет Гента, Бельгия
Университет Хериот-Ватт, Великобритания
Humboldt-Universität zu Berlin, Германия
IE University, Испания
* Imagine Institute, Франция
Imperial College London, Великобритания
* INSERM, Франция
* Институт молекулярной биотехнологии (IMBA), Австрия
Университет ИТМО, Россия
Ягеллонский университет, Польша
Johannes Kepler Universität Linz (JKU), Австрия
* Каролинский институт, Швеция
Katholieke Universiteit Leuven, Бельгия
Казанский (Приволжский) федеральный университет, Россия
King’s College London (KCL), Великобритания
KIT, Карлсруэ Технологический институт, Германия
KTH Королевский технологический институт, Швеция
Ланкастерский университет, Великобритания
Лейденский университет, Нидерланды
Линчёпингский университет, Швеция
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Россия
Университет Лафборо, Великобритания
Ludwig-Maximilians-Universität München, Германия
Лундский университет, Швеция
Маастрихтский университет, Нидерланды
Москва Физико-технический институт (МФТИ / Московский Физтех), Россия
Московский государственный институт международных отношений (МГИМО), Россия
* MRC Laboratory of Molecular Biology (LMB), United Kingdom
National Research Nuclear University (MEPhI / Moscow Engineering Physics) Institute), Россия
Национальный исследовательский университет Высшая школа экономики (НИУ ВШЭ), Россия
Ирландский национальный университет Голуэй (NUIG), Ирландия
* Нидерландский онкологический институт, Нидерланды
Университет Ньюкасла, Великобритания
Норвежский университет науки и технологий, Норвегия
Новосибирский государственный университет, Россия
О Университет ксфорд Брукс, Великобритания
Миланский политехнический университет, Италия
Туринский политехнический университет, Италия
Лондонский университет королевы Марии (QMUL), Великобритания
Королевский университет Белфаст, Великобритания
Университет Радбауд, Нидерланды
Рейнский университет Фридриха-Вильгельмса-Бонн , Германия
Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen (RWTH), Германия
Лондонский Королевский университет Холлоуэй, Великобритания
Университет РУДН, Россия
Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg, Германия
Санкт-Петербургский государственный университет, Россия
Римский университет Сапиенца, Италия
Sciences Po (Парижский институт политических исследований), Франция
* Scuola Normale Superiore, Италия
* Scuola Superiore Sant’Anna Pisa, Италия
Лондонский университет SOAS, Великобритания
Университет Сорбонны, Франция
Стокгольмский университет, Швеция
* Университет Тампере, Финляндия
Датский технический университет, Дания
Technische Universi tät Berlin (TU Berlin), Германия
Technische Universität Darmstadt, Германия
Technische Universität Dresden, Германия
Technische Universität Graz, Австрия
Technische Universität München, Германия
Technische Universität Wien (TU Wien, Франция), Австрия
Technische Universität Wien (TU Wien, Франция), Австрия
Школа экономики и политических наук (LSE), Соединенное Королевство
Эдинбургский университет, Соединенное Королевство
Эксетерский университет, Соединенное Королевство
Манчестерский университет, Соединенное Королевство
Университет Шеффилда, Соединенное Королевство
* Университет Тромсё — Арктический университет Норвегии, Норвегия
Уорикский университет, Великобритания
* Тилбургский университет, Нидерланды
* Томский политехнический университет, Россия
Томский государственный университет, Россия
Тринити-колледж Дублин, Дублинский университет, Ирландия
Университет Умео, Швеция
Автономный университет Мадрида, Испания
Мадридский университет Карлоса III (UC3M), Испания
* Universidad Complutense de Madrid, Испания
Universidad de Navarra, Испания
Università degli Studi di Milano, Италия
Università degli Studi di Napoli Federico II, Италия
* Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia Studi, Италия
* Università degli Studi ди Перуджа, Италия
Università degli Studi di Padova, Италия
Università di Bologna (UNIBO), Италия
Università di Pisa, Италия
Università Vita-Salute San Raffaele, Италия
Universitat Autònoma de Barcelona, ​​Испания
Universitat de Barcelona (UB) , Испания
Universität Erlangen-Nürnberg, Германия
Universität Frankfurt am Main, Германия
Universität Freiburg, Германия
Universität Göttingen, Германия
Universität Hamburg, Германия
Universität Innsbruck, Австрия
Universität Universität Universität, Германия
Universität Universität Universität, Германия Германия
Universitat Politècnica de Catalunya — BarcelonaTech (UPC), Испания
Universitat Politècni ca de València, Испания
Universitat Pompeu Fabra, Испания
Universität Stuttgart, Германия
Universität Ulm, Германия
Universität Wien, Австрия
Université Catholique de Louvain, Бельгия
Université de Paris, Франция
Universitpes de Strasbit, France
Universitpes de Strasbit, France , Франция
Université Libre de Bruxelles, Бельгия
Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne, France
Université Paris-Sud, France
Université PSL, France
Universitö della Svizzera italiana, Швейцария
Университетский колледж Корк, Ирландия
Университетский колледж Дублина, Ирландия
Университетский колледж Лондона, Соединенное Королевство
Абердинский университет, Великобритания
Амстердамский университет, Нидерланды
Антверпенский университет, Бельгия
Базельский университет, Швейцария
Батский университет, Великобритания
Бергенский университет, Норвегия
Бернский университет, Швейцария
Бирмингемский университет, Великобритания
Univer город Бристоль, Соединенное Королевство
Кембриджский университет, Соединенное Королевство
Химико-технологический университет, Прага, Чехия
Копенгагенский университет, Дания
Университет Данди, Соединенное Королевство
Университет Восточной Англии (UEA), Соединенное Королевство
Университет г. Эссекс, Великобритания
Женевский университет, Швейцария
Университет Глазго, Великобритания
Университет Гетеборга, Швеция
Университет Гронингена, Нидерланды
Университет Хельсинки, Финляндия
Университет Ювяскюля, Финляндия
Университет Кента, Великобритания
Университет Лозанны, Швейцария
Университет Лидса, Великобритания
Университет Лестера, Великобритания
Лиссабонский университет, Португалия
Ливерпульский университет, Великобритания
Ноттингемский университет, Великобритания
Университет Осло, Норвегия
Университет Оулу, Финляндия
Оксфордский университет, Великобритания
Университет Порту, Португалия
Университет Рединга, Великобритания
Университет Саутгемптона, Великобритания
Университет Южной Дании, Дания
Университет Сент-Эндрюс, Великобритания
* Университет Св.Галлен (HSG), Швейцария
Университет Стратклайда, Великобритания
Университет Суррея, Великобритания
Университет Сассекса, Великобритания
Университет Тарту, Эстония
* Университет Тренто, Италия
Университет Турку, Финляндия
Университет Твенте , Нидерланды
Варшавский университет, Польша
Йоркский университет, Великобритания
Цюрихский университет, Швейцария
Упсальский университет, Швеция
Уральский федеральный университет, Россия
Утрехтский университет, Нидерланды
* VIB, Бельгия
Vrije Universiteit Amsterdam, Нидерланды
Vrije Universiteit Brussel (VUB), Бельгия
Университет Вагенингена, Нидерланды
Westfälische Wilhelms-Universität Münster, Германия

Pontificia Universidad Católica, Аргентина, Аргентина
Pontificia Universidad Católica de Chile (UC), Chile
* Pontificia Delphi Católica, Chile де Монтеррей (ITESM), Мексика
* UNESP, Бразилия
* U niversidad Austral, Аргентина
* Universidad de Belgrano, Аргентина
Universidad de Buenos Aires (UBA), Аргентина
Universidad de Chile, Чили
* Universidad de La Habana, Куба
Universidad de los Andes, Колумбия
* Universidad de Montevideo (UM) , Уругвай
Universidad de Palermo (UP), Аргентина
* Universidad de Santiago de Chile (USACH), Чили
Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Мексика
Universidad Nacional de Colombia, Колумбия
* Universidad ORTrug Uruguay, Uruguay Сан-Паулу, Бразилия
Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), Бразилия
Федеральный университет в Рио-де-Жанейро, Бразилия

Государственный университет Аризоны, США
* Обернский университет, США
Медицинский колледж Бейлора, США
Бостонский университет , США
* Больница Бригама и женщин
Университет Брауна, США
* Неврологический институт Берка, США
Калифорния Технологический институт Орнии (Калифорнийский технологический институт), США
Университет Карнеги-Меллона, США
Университет Кейс Вестерн Резерв, США
* Детская больница Филадельфии, США
* Медицинский центр детской больницы Цинциннати
* Лаборатория Колд-Спринг-Харбор, США
Колумбийский университет, США
Корнельский университет, США
Университет Далхаузи, Канада
Дартмутский колледж, США
Дартмут-Хичкок, США
Университет Дьюка, США
Университет Эмори, США
Университет Джорджа Вашингтона, США
Джорджтаунский университет, США
Технологический институт Джорджии (Технологический институт Джорджии), США
* Институты Гладстона, США
Гарвардский университет, США
* Университет Ховарда, США
* Медицинская школа Икана на горе Синай, США
Университет Индианы, США
* Janelia Research Кампус, США
Университет Джона Хопкинса, США
* Институт развития мозга Либера, США
* Массачусетский научно-исследовательский институт больницы общего профиля, США
Массачусетский технологический институт (MIT), США
* Клиника Майо, США
Университет Макгилла, Канада
Университет Макмастера, Канада
* Медицинский колледж Висконсина, США
* Медицинский университет Южной Каролины
* Онкологический центр Мемориала Слоуна Кеттеринга, США
Университет штата Мичиган, США
* Медицинская школа Маунт-Синай Икан
* Национальные институты здравоохранения (NIH), США
* Технологический институт Нью-Джерси (NJIT), США
* Психиатрический институт штата Нью-Йорк (NYSPI), США
Нью-Йоркский университет (NYU), США
New Йоркский университет Langone Health, США
Государственный университет Северной Каролины, США
Северо-Восточный университет, США es
Северо-Западный университет, США
Государственный университет Пенсильвании, США
Принстонский университет, США
Университет Пердью, США
Королевский университет в Кингстоне, Канада
* Политехнический институт Ренсселера, США
Университет Райса, США
Университет Рутгерса — Нью-Брансуик, США
* Институт биологических исследований Солка, США
Университет Саймона Фрейзера, Канада
Стэнфордский университет, США
Университет Стоуни-Брук, Государственный университет Нью-Йорка, США
SUNY Downstate Health Sciences University, США
Техасский университет A&M, США
* The Graduate Center, CUNY, США
* Больница для больных детей, Канада
Государственный университет Огайо, США
* Университет Рокфеллера, США
Университет Тафтса, США
Университет Сеть здравоохранения, Канада
Университет Аризоны, США S tates
Университет Западного Онтарио (Западный университет), Канада
Университет Монреаля, Канада
Университет в Буффало, SUNY, США
* Сеть здравоохранения университетов, Канада
Университет Альберты, Канада
Университет Британской Колумбии, Канада
Университет Калгари, Канада
Калифорнийский университет, Беркли (UCB), США
Калифорнийский университет, Дэвис (UCD), США
Калифорнийский университет, Ирвин (UCI), США
Калифорнийский университет, Лос-Анджелес (UCLA), США
Калифорнийский университет, Сан-Диего (UCSD), США
* Калифорнийский университет, Сан-Франциско (UCSF), США
Калифорнийский университет, Санта-Барбара (UCSB), США
* Калифорнийский университет, Санта-Крус (UCSC), США
Чикагский университет, США
Колорадский университет в Боулдере, США
Колорадский университет в Денвере, США
* Universit г. Коннектикут, США
Университет Флориды, США
Гавайский университет в Маньоа, США
Иллинойский университет в Урбана-Шампейн, США
Иллинойский университет, Чикаго (UIC), США
Университет г. Канзас, США
Мэрилендский университет, Колледж-Парк, США
* Массачусетский университет, Амхерст, медицинская школа, США
Массачусетский университет, Амхерст, США
Университет Майами, США
Мичиганский университет, США
университет городов-побратимов Миннесоты, США
* Университет Невады, Рино
Университет Северной Каролины, Чапел-Хилл, США
Университет Нотр-Дам, США
Университет Оттавы, Канада
Университет Пенсильвании, США
Университет Питтсбурга , США
Университет Рочестера, США
* Университет Южной Флориды, США
Uni Университет Южной Калифорнии, США
Техасский университет в Остине, США
* Юго-западный медицинский центр Техасского университета (Юго-западный Юта), США
Университет Торонто, Канада
Университет Юты, США
Университет Виктории, Канада
Университет Вирджинии, США
Университет Вашингтона, США
Университет Ватерлоо, Канада
Университет Висконсин-Мэдисон, США
* Институт Ван Андел, США
Университет Вандербильта, США
* Медицинский центр Университета Вандербильта, США
Политехнический институт и университет штата Вирджиния (Технологический институт Вирджинии), США
Университет Уэйк-Форест, США
* Университет штата Вашингтон, США
Университет Вашингтона в г.Луис, США
* Государственный университет Уэйна, США
* Weill Cornell Medicine, США
* Институт Уайтхеда, США
Йельский университет, США
Университет Йешива, США

Университет Кертина, Австралия
Университет Дикина, Австралия
Университет Гриффита, Австралия
* Университет Джеймса Кука, Австралия
Университет Ла Троба, Австралия
Университет Линкольна, Новая Зеландия
Университет Маккуори, Австралия
Университет Мэсси, Новая Зеландия
Университет Монаша, Австралия
Технологический университет Квинсленда (QUT), Австралия
Университет RMIT, Австралия
Технологический университет Суинберна, Австралия
Австралийский национальный университет, Австралия
Университет Аделаиды, Австралия
Университет Окленда, Новая Зеландия
Университет Мельбурна, Австралия
Университет Нового Южного Уэльса (UNSW Сидней), Австралия
Университет Ньюкасла , Австралия (UON), Австралия
Университет Квинсленда, Австралия
Университет Сиднея, Австралия
Университет Западной Австралии, Австралия
* Университет Канберры, Австралия
Университет Кентербери, Новая Зеландия
Университет Отаго, Новая Зеландия
Университет Южной Австралии, Австралия
Университет Тасмании, Австралия
Технологический университет Сидней, Австралия
Университет Вайкато, Новая Зеландия
Университет Вуллонгонга, Австралия
Веллингтонский университет Виктории, Новая Зеландия

Оценка факторов, влияющих на выбор университета

https: // doi.org / 10.15405 / epsbs.2021.05.02.206

Автор для корреспонденции: Марина Цой

Отбор и экспертная оценка под ответственностью Оргкомитета конференции

eISSN: 2357-1330

университет лежит в чисто прагматических планах будущее — получение диплома о высшем образовании,

переезд в другой город, тусовка в молодежной среде, участие в студенческой жизни и

внеклассная деятельность.

По сравнению с ситуацией 2010 года, появился новый сегмент студентов, ориентированных на продолжение обучения за рубежом

, для чего важными мотивами являются наличие в университете совместных

международных программ и стажировок, а также позиции университета в международных рейтингах,

,

таких как QS, рейтинг университетов мира.Результаты могут потребовать более глубокого анализа для определения

не только статистических причин разделения латентных факторов, но также социальных и, возможно, экономических

мотивов студентов и их родителей, влияющих на выбор конкретного вуза.

В силу своей универсальности представленный в статье метод может быть применен и для анализа

предпочтений потребителей любых других товаров и услуг.

Ссылки

Chandler, B.(2009). Факторы и представления, которые влияют на зачисление в программы профессионального и технического образования

в сельских районах Восточно-Центральной Миссисипи. (Докторская диссертация). База данных ProQuest UMI

Номер: 3386307.

Чао, К. (2015). Принятие решения для китайских студентов о получении высшего образования в США

International Journal of Higher Education, 5 (1), 28-37.

Demsar, J., Curk, T., Erjavec, A., Gorup, C., Hocevar, T., Milutinovic, M., Mozina, M., Polajnar, M.,

Toplak, M., Staric, A., Stajdohar, M., Umek, L., Zagar, L., Zbontar, J., Zitnik, M., & Zupan, B.

(2013). Оранжевый: Панель инструментов интеллектуального анализа данных в Python. Журнал исследований в области машинного обучения, 14 (август),

2349-2353.

Иберла, К. (1980). Факторный анализ. Статистика.

Макеева А. (5 мая 2018 г.). В России отчислили половину вузов. Коммерсантъ [Коммерсантъ].https://www.kommersant.ru/doc/3540086

Moskowitz, H., & Gofman, A. (2007). Продажа голубых слонов: как делать отличные продукты, которые нужны людям

, прежде чем они даже узнают, что они хотят их. Издательство Wharton School.

Официальные сетевые ресурсы Президента России. (2019, 5 ноября). Заседание Совета по русскому

язык состоялось 5 ноября 2019 года. Кремль.http://kremlin.ru/ events / President / news / 61986

Уано Дж., Торре Дж., Джапитан В. и Монева Дж. (2019). Факторы, влияющие на выбор учащимися 12 класса

курсов в Национальной средней школе Ягобяо — отдел старшей средней школы. Международный журнал

научных и исследовательских публикаций, 9 (1), 421-431. https://doi.org/10.29322/IJSRP. 9.01.2019

стр. 8555

Саати Т. Л. (1980). Процесс аналитической иерархии. Макгроу Хилл.

Сафармамад, Ф.(2019). Факторы, влияющие на решение учащихся о поступлении в лицеи начального профессионального образования

Образование и обучение (НПОО) Таджикистана. (Докторская диссертация).

https://digitalcommons.odu.edu/ stemps_etds / 44

Щеколдин В. Ю., Лысенко М. Ю. (2018). Развитие методов классификации на основе анализа

кумулятивных кривых.

Актуальные проблемы электронного прибора

инженерия (APEIE-2018), 6, 97-100.

Стиллман, Д., и Стиллман, И. (2018). Поколение З на работе. Как понять его и найти с ним общий язык

[Поколение Z в действии. Как его понять и найти с ним общий язык. Манн,

Иванов и Фербер.

Цой М., Щеколдин В. (2010a). Анализ потребительских предпочтений на рынке образовательных услуг

. Интеграл, 4 (54), 90-92.

Цой, М., & Щеколдин, В. (2010b). Мотивирующие факторы на рынке образования. Маркетинг, 6, 97-105.

Щеколдин В., Цой М. (2016). RFM-анализ как инструмент сегментации потребителей

высокотехнологичной продукции. Актуальные проблемы электронного приборостроения

(APEIE-2016), 1 (3), 358-363.

Член парламента Кули чествует местного радиолога и пережившего Холокост на церемонии памяти жертв Холокоста 2018 года | Официальный веб-сайт


САКРАМЕНТО — В понедельник, 16 апреля, член Ассамблеи Кен Кули (ранчо Кордова) почтил д-ра Адама Гринспена на ежегодной церемонии памяти жертв Холокоста в Капитолии штата.

Ежегодно законодательное собрание евреев Калифорнии проводит церемонию поминовения жертв Холокоста в День памяти жертв Холокоста в Калифорнии, чтобы отметить выживших, семьи выживших или освободителей.

«Доктор. Вся жизнь Адама Гринспена свидетельствует о выживании. Город, в котором он жил со своими родителями в нежном возрасте четырех лет, подвергся бомбардировке в первую неделю немецкого Блицкрига, когда немецкая армия начала Вторую мировую войну. Он вспоминает, как бежал в сельскую местность со своими родителями после нападений немцев и Советов на Польшу в 1939 году », — сказал член парламента Кули. «Настойчивость Адама в последовавшем за этим ужасе и успех, которого он и его семья достигли, несмотря на ужасы Холокоста, вдохновляют.Для меня большая честь признать доктора Адама Гринспена лауреатом года от Восьмого округа Ассамблеи, — продолжил Кули.

Доктор Адам Гринспен — единственный ребенок врача Бернарда из Рудника-над-Санем на востоке Польши. В 1939 году 4-летний Адам бежал со своей семьей во Львов, расположенный в 92 милях от города. Когда советские войска вторглись в Польшу в соответствии с соглашением Молотова-Риббентропа, Адама и его семью отправили поездом для скота в пятинедельную поездку в Новосибирск, Сибирь, где его отец работал терапевтом, хирургом, педиатром, акушером и дантистом в больнице. Россияне с подручными средствами.Семья Адама была переведена в Бурное, Казахстан, в 1941 году, где Адам собирал коровьи «блины» в качестве топлива для своей печи, их единственного источника тепла. После окончания войны семья Адама жила во Вроцлаве (бывший Бреслау) на западе Польши, где Адам окончил школу, изучал медицину и стал хирургом-ортопедом. Несмотря на свои достижения, Адам не хотел проводить свою жизнь, живя при тоталитарном режиме коммунистической Польши, и решил уехать любыми необходимыми средствами. После нескольких безуспешных попыток легально эмигрировать в США, он сбежал в Австрию, где попросил убежища.В конце концов он перебрался в Соединенные Штаты и поселился в районе Арден в Сакраменто.

Отец Адама, Бернард, скончался в Польше в 1964 году, а его мать Евгения эмигрировала в США несколько лет спустя, скончавшись в Нью-Йорке в 1984 году. Доктор Гринспен — всемирно известный рентгенолог-ортопед и профессор радиологии Университета им. Калифорния, Дэвис. Он написал множество статей и книг по своей специальности. Он живет со своей женой Барбарой, у него трое взрослых детей, невестка и трое внуков.

Член парламента

Кен Кули представляет 8 -й округ , который включает общины Арден-Аркад, Кармайкл, Ситрус-Хайтс, Ранчо Кордова, Ранчо Мурьета, Роузмонт, Уилтон и другие части некорпоративного округа Сакраменто. Для получения дополнительной информации посетите http://asmdc.org/members/a08/

.

###

Контактное лицо: Хиллена Эрнандес, 916-319-2008

Магистерская программа по международным отношениям


Здесь вы найдете информацию о:
Учебный план | Требования к курсам | Курсы


Учебная программа

Магистерская программа разработана таким образом, чтобы студенты изучали курсы последовательно.То есть вы должны выполнить все свои основные требования, прежде чем записываться на факультативные занятия. Хотя это не всегда возможно (иногда вы не можете посещать занятия в те дни и часы, когда предлагаются эти занятия), это должно быть вашей целью.

  • Все студенты должны изучать теории международных отношений в течение первого семестра программы.
  • Все студенты должны пройти PSM B1877 Quantitative Methods и IR B6800 Research Methods в течение первого года обучения по программе.

Общие знания
Мы начинаем программу с изучения теории международных отношений, концепций и количественных методов. Эти курсы предоставляют студентам инструменты для анализа политических и экономических институтов и процессов, которые определяют международную систему национальных государств и транснациональных субъектов. Наши курсы по международному праву предлагают углубленное изучение правовых норм и правил, регулирующих поведение государств за пределами их границ.Компонент международной организации естественным образом сосредоточен на Организации Объединенных Наций и неправительственных организациях, которые расположены поблизости в центре Манхэттена.

Факультативы
В рамках этой программы студенты будут иметь возможность более целенаправленно заниматься региональными исследованиями; Международная экономика; дипломатия и внешняя политика; или безопасность и права человека.

Наши курсы по региональной политике позволяют студентам изучать основные политические и экономические институты в выбранных ими географических регионах.Это также поможет им понять конкретную политическую динамику, которая определяет эти области как регион.

Наш Международная политическая экономия предоставляет студентам возможность изучать (а) основные международные экономические институты, такие как Всемирная торговая организация и Всемирный банк, (б) экономическое развитие и (в) динамика международной политической экономии .

Те, кто выберет курсы дипломатии и внешней политики , изучат дипломатические институты, переговоры, поддержание мира / миротворчество, а также процесс и сущность принятия решений в области внешней политики.

Наконец, наши классы по безопасности и правам человека сосредоточены на концепции внешних угроз и альтернативах их устранения; причины и динамика международного конфликта; и международные усилия, направленные на обеспечение основных прав и защиты для всех народов, независимо от национальности.


Требования к курсам

33 Всего кредитов

ТРЕБУЕТСЯ

( 21 кредит )
PSM B1877: Количественные методы (3 кр.)
IR B6800: Методы исследования (3 кр.)
IR B6100: Теории международных отношений (3 кр.)
IR B6200: Международная организация (3 кр.)
IR B6300: Международное право (3 кр.)
IR B6927 : Международная политическая экономия (3 кр.)
IR B9900: Написание тезисов (3 кр.)
ВЫБОРЫ ( 6 кредитов )
Студенты должны выбрать четыре дополнительных класса из списка курсов, предлагаемых в области международных отношений, и утвержденных курсов для выпускников предлагаются факультетами истории, экономики, PSM и социологии.Курсы также могут быть пройдены с разрешения в любой школе CUNY (6 кр.)

+ Знание иностранного языка
Учащиеся должны продемонстрировать навыки чтения на языке, одобренном консультантом выпускника.


Курсы

Ниже приводится примерный список курсов, предлагаемых для получения степени по международным отношениям в Городском колледже:

IR B 6500: Изменение климата, биоразнообразие и политический процесс — междисциплинарный подход
Цель этого нового курса — объединить преподавателей, студентов и экспертов в области экологических исследований и науки о биоразнообразии с другими специалистами в этой области выработки международной политической политики.Разработка политики в области экологической устойчивости должна основываться на более глубоком понимании наук и анализе данных об изменении климата, биоразнообразии, утрате среды обитания и других факторах, способствующих проблемам исчезновения, продовольственной безопасности и экстремальных погодных изменений. Напротив, наука выиграет от более глубокого понимания разработки политики, международного права, роли Организации Объединенных Наций, НПО и частного сектора в процессе разработки политики, влияющей на биоразнообразие и экологическую устойчивость.
Co / Предпосылки: Нет; 3 CR.

Преподаватели :

B2502: Латинская Америка и Карибский бассейн в мировых делах | 2 ч. / Нед. PLUS CONF .; 3 CR.
Исследует межамериканские отношения и внешнюю политику отдельных стран региона. Он также исследует различные темы, такие как демократизация, популизм, военный авторитаризм, экономическое развитие и отношения Латинской Америки.

B6100: Теории международных отношений | 2 ч./ WK. PLUS CONF .; 3 CR.
Предлагает введение в современные теории и концепции дисциплины международных отношений. В частности, курс исследует конкурирующие парадигмы, предлагаемые реализмом, либерализмом, глобализмом, английской школой и конструктивизмом. Курс разработан для того, чтобы углубить знания студентов о международных отношениях, сосредоточив внимание на том, как теория может помочь им понять сложности взаимоотношений между государствами и другими международными субъектами.

B6200: Международные организации | 2 ч./ WK. PLUS CONF .; 3 CR.
Анализирует основные глобальные и региональные организации и учреждения, которые обеспечивают сотрудничество между государствами, с упором на систему Организации Объединенных Наций. В частности, в курсе рассматривается, как эти организации пытаются решать проблемы мира и безопасности, экономического и социального развития, прав человека и гуманитарной помощи.

B6300: Международное право | 2 ч. / Нед. PLUS CONF .; 3 CR.
Исследует роль и функцию международного публичного права в регулировании отношений между суверенными государствами.Среди прочего, курс посвящен правам и обязанностям государств, многосторонним договорам, суверенитету, правам человека, законам ведения войны, применению силы, беженцам и международным уголовным трибуналам.

B6600: Стажировка | Разрешение программного директора. 3 CR.
Студенты могут получить три кредита за стажировку в международной организации, неправительственной организации, правительственном агентстве или аналитическом центре, занимающемся практикой международных отношений.Те, кто делают это, должны получить разрешение от директора программы и работать в агентстве семь часов. Студент должен предоставить в офис MPIR письмо от агентства / организации, подтверждающее его или ее назначение и описывающее его или ее обязанности.

B6917: Африка в мировых делах | 2 ч. / Нед. PLUS CONF .; 3 CR.
Анализирует политические отношения между черными африканскими государствами и между такими государствами и западными державами. Темы включают: империализм, рабство и колониализм; войны за независимость; межгосударственные отношения и экономическое сотрудничество; и роль международных организаций в поощрении прав человека и разрешении конфликтов.

B6918: Дипломатическая практика | 2 ч. / Нед. PLUS CONF .; 3 CR.
Исследует, как международные отношения строятся на заре 21 века, как с теоретической, так и с эмпирической точки зрения. При этом курс дает студентам понимание принципов, лежащих в основе практики дипломатии в двусторонних и многосторонних условиях, а также конкретных инструментов и процессов, используемых дипломатами в ходе их работы.

B6925: Миротворчество и переговоры | 2 ч./ WK. PLUS CONF .; 3 CR.
Анализирует усилия региональных и международных организаций по содействию переговорам и поддержанию мира в стремлении к международному миру и безопасности. Он охватывает период от первого основания ООН до текущих операций на местах, уделяя особое внимание Ближнему Востоку, Африке, Центральной Америке, бывшей Югославии, Камбодже, Восточному Тимору и другим странам.

B6927: Международная политическая экономия | 2 ч. / Нед. PLUS CONF .; 3 CR.
Исследует теории, которые пытаются объяснить динамику международной экономики, и исследует институты, которые обеспечивают сотрудничество в содействии международной торговле, валютному обмену и инвестициям.Особое внимание уделяется роли Всемирной торговой организации, Всемирного банка, Международного валютного фонда и агентств развития ООН. Наконец, исследуются дебаты вокруг глобализации.

B6928: Права человека в мировой политике | 2 ч. / Нед. PLUS CONF .; 3 CR.
Исследует развитие и внедрение норм прав человека в международной системе. В нем также обсуждаются дебаты вокруг концепции прав человека в мировой политике и исследуются усилия государств, международных организаций и неправительственных организаций по реализации таких норм на национальном, региональном и международном уровнях.

B6930: Европа в мировых делах | 2 ч. / Нед. PLUS CONF .; 3 CR.
Исследует роль европейского сообщества и его основных государств в мировой политике. в частности, курс исследует развитие европейской политики с наполеоновского периода в начале девятнадцатого века до создания Европейского союза в конце двадцатого века. Темы будут включать межгосударственную войну, безопасность, экономическую интеграцию и политические отношения между государствами.

B6931: Альтернативные концепции международной безопасности | 2 ч./ WK. PLUS CONF .; 3 CR.
Исследует различные концепции международной безопасности, предлагаемые учеными, политическими аналитиками, журналистами и активистами из разных частей мира. Класс включает традиционные концепции, такие как сдерживание, гонка вооружений и контроль над вооружениями, союзы, война и баланс сил, а также более современные понятия, такие как безопасность человека, экологическая безопасность, насилие в обществе, гражданская война и оружие массового уничтожения.

B6933: Принятие решений и внешняя политика | 2 ч./ WK. PLUS CONF .; 3 CR.
Исследует теорию и практику принятия решений и их влияние на формирование внешней политики. Основанный на литературе по политической психологии, он исследует личность, групповую динамику, восприятие и неправильное восприятие, а также исследует, как системы убеждений устанавливают основу для принятия решений политиками.

B6934: Государственное строительство и демократизация | 2 ч. / Нед. PLUS CONF .; 3 CR.
Исследует вопросы государственной власти, демократических институтов и их взаимосвязи в современных сравнительных международных отношениях.Курс разделен на три части: (1) истоки, определения и теории государства и демократии; (2) динамические изменения в государственной и демократической политике, особенно те, которые произошли за последние несколько десятилетий; (3) мир политики, исследующий рецепты, появившиеся в попытке создать более широкие и полные демократии.

B9900: Диссертация : Утверждение программного директора.

Проект новой сборки генома неуловимых ягуарунди, Puma yagouaroundi | Журнал наследственности

Абстрактные

Линия Puma в семействе Felidae состоит из 3 видов, которые в последний раз имели общего предка около 4.9 миллионов лет назад. Ранее сообщалось о полногеномных последовательностях двух видов из этой линии: гепарда ( Acinonyx jubatus ) и горного льва ( Puma concolor ). В настоящем отчете описывается полногеномная сборка оставшегося вида, ягуарунди ( Puma yagouaroundi ). Мы секвенировали геном самца ягуарунди с помощью 10X Genomics связанных считываний и собрали последовательность всего генома. Собранный геном содержит серию каркасов, которые достигают длины плеч хромосом и сходны по смежности каркасов с геномными сборками гепарда и пумы с контигом N50 = 100.2 kbp и леска N50 = 49,27 Mbp. Мы оценили собранную последовательность генома ягуарунди с помощью BUSCO, выровняли чтения секвенированной особи и другой опубликованной самки ягуарунди с собранным геномом, аннотировали гены, кодирующие белок, повторы, геномные варианты и их эффекты по отношению к генам, кодирующим белок, и проанализировали отличия двух ягуарунди от эталонного митохондриального генома. Сборка генома ягуарунди и ее аннотация сравнивались по качеству, вариантам и характеристикам с ранее описанными сборками генома пумы и гепарда.Вычислительный анализ, использованный в исследовании, был реализован прозрачным и воспроизводимым способом, чтобы обеспечить их дальнейшее повторное использование и модификацию.

Ягуарунди, Puma yagouaroundi , является одним из 41 вида кошачьих, одного из 16 семейств млекопитающих отряда Carnivora (Jackson and Nowell 1996; Sunquist and Sunquist 2009; Kitchener et al.2017). Вид распространяется от юго-запада Соединенных Штатов, через Центральную Америку и большую часть Южной Америки, достигая северной Аргентины.В пределах этого ареала ягуарунди населяют самые разные среды обитания — от полузасушливых и пастбищных до густых сухих и влажных лесов (de Oliveira 1998; Espinosa et al. 2017). Ягуарунди демонстрируют различия в морфологии черепа, а также в двух основных цветах шерсти (серый или темный против красноватого) в этих гетерогенных средах обитания, что привело к определению целых 8 подвидов (Allen 1919; Cabrera 1958). Экологическое моделирование вариантов шерсти показало, что они в значительной степени связаны с конкретными местообитаниями, при этом серые или темные морфы часто встречаются во влажных и густых лесах, тогда как красноватые морфы чаще встречаются в сухих открытых местообитаниях, таких как пустыни (da Silva et al. al.2016). Однако широкомасштабный анализ частичных и полных митохондриальных геномов не показал связи между кластерами и подвидами гаплотипов (Ruiz-García and Pinedo-Castro 2013; Ruiz-García et al.2018). На основе этих выводов рабочая группа по классификации кошек Группы специалистов МСОП пришла к выводу, что ягуарунди представляет собой монотипный вид (Китченер и др., 2017).

Исторически ягуарунди был включен в род Herpailurus , но недавно филогенетические и филогеномные исследования поместили его в линию Puma Felidae, в которую также входят горный лев (также называемый кугуаром или пумой), Puma concolor и гепард Acinonyx jubatus (Johnson et al.2006; О’Брайен и Джонсон 2007; О’Брайен и др. 2008; Ли и др. 2016). Эти молекулярные исследования твердо установили, что ягуарунди — сестра горного льва, а анализ датировки показал, что эти два вида разошлись примерно 4–7 миллионов лет назад. Члены линии Puma демонстрируют контрастную морфологию и уникальную адаптацию к образу жизни. В отличие от горных львов, у которых средняя масса тела колеблется от 34 до 72 кг, ягуарунди в среднем составляют около 3–7 кг (Sunquist and Sunquist 2009).

Кариотипический анализ ягуарунди показывает диплоидный хромосомный набор 2 n = 38, что соответствует наиболее консервативному диплоидному числу, обнаруженному у других видов Felidae (Wurster-Hill and Gray 1973; Eroğlu 2017; Graphodatsky et al. 2020). На сегодняшний день создано de novo геномных сборок для более чем дюжины видов кошачьих (NCBI: txid 9681), включая гепарда и горный лев (Добрынин и др., 2015; Сареми и др., 2019). Здесь мы представляем первую черновую сборку самца ягуарунди de novo , которая облегчит дальнейшие исследования адаптаций и других биологических особенностей этого вида по отношению к другим членам линии Puma и Felidae.

Методы

Биологические материалы

Биопсия ткани размножающегося самца ягуарунди, родом из Мексики и размещенного в Роттердамском зоопарке, Нидерланды, была получена Митчеллом Бушем в 1981 году. Первичная клеточная линия фибробластов (HYA-1) была впоследствии инициирована из биопсии кожи в Лаборатории им. Геномное разнообразие, Национальный институт рака (Фредерик, штат Мэриленд, США), и хранилось в замороженном виде с 1981 года. Свежесобранные клетки фибробластов использовали для геномной ДНК.

Получение библиотеки нуклеиновых кислот

Культивируемые клетки первичных фибробластов на пассаже 10 и слияния 80% собирали путем удаления ростовой среды, двукратной промывки клеток DPBS (фосфатно-солевым буфером Дульбекко), удаления клеток 0,25% трипсином-ЭДТА и сбора клеток с альфа-MEM с помощью 15 % фетальной бычьей сыворотки (FBS) и центрифугирование при 300 g в течение 10 минут. Осадок клеток затем промывали DPBS и центрифугировали при 300 g в течение 10 минут. Для получения высокомолекулярной ДНК лизис проводили путем суспендирования свежесобранных клеток в буфере для лизиса (0.05 M Tris-HCl, pH 7,5, 0,066 M EDTA и 0,1 M NaCl) с добавлением додецилсульфата натрия (SDS) до конечной концентрации 1% и протеиназы K до конечной концентрации 0,75 мг / мл с последующей инкубацией при 56 ° С в течение 2–4 часов. Для удаления загрязнения РНК добавляли РНКазу A в конечной концентрации 10 мг / мл и раствор дополнительно инкубировали 1 час при 56 ° С. Во время инкубации пробирку с образцом несколько раз осторожно покачивали рукой.

Экстракцию геномной ДНК проводили стандартным фенол-хлороформным методом с последующим осаждением изопропанолом (Sambrook et al.1989). Осажденную геномную ДНК переносили в 80% этанол на 24 часа, отправляли в Балтимор и затем ресуспендировали в буфере 1X TE, pH 8,0, в течение 4 недель при 4 ° С. На протяжении всего процесса экстракции с образцом ДНК осторожно манипулировали для сохранения высокой молекулярной массы. Качество и концентрацию экстрагированной геномной ДНК измеряли с помощью спектрофотометра NanoDrop 2000 (Thermo Fisher Scientific, США) и электрофореза в 0,5% агарозном геле.

Библиотеки секвенирования хрома были созданы в Core Facility Genetics Resources (GRCF) Медицинской школы Университета Джонса Хопкинса (Балтимор, США) с использованием наборов реагентов для генома хрома версии 2, прибора 10X Genomics Chromium Controller (10X Genomics, США) и ДНК разбавили до 1.2 нг / мкл. Перед созданием библиотеки ДНК оптическую плотность ДНК оценивали с помощью флуориметра Qubit (Thermo Fisher Scientific, США). Гелевые шарики в эмульсиях (GEM) были использованы для приготовления библиотек геномной ДНК, которые затем были никотранслированы с использованием специфичных для шариков уникальных молекулярных идентификаторов (UMI; Руководство пользователя набора реагентов Chromium Genome, версия 2). Размер и концентрацию геномной ДНК рассчитывали с использованием чипа Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 (Agilent Technologies).

Секвенирование ДНК и сборка генома

Библиотеки Chromium были секвенированы в Genetic Resources Core Facility (GRCF) Медицинской школы Университета Джона Хопкинса (Балтимор, США).Секвенирование выполняли при 53-кратном среднем покрытии последовательности на 2 дорожках одной проточной кюветы на Illumina NovaSeq 6000 (Сан-Диего, США). Последовательные чтения с парным концом были собраны в 2 последовательности псевдогаплотипов на уровне каркаса с использованием Supernova версии 2.1.1 (Weisenfeld et al. 2017).

Каркасы из первой последовательности псевдогаплотипа сборки Supernova сканировали на наличие дубликатов и каркасов только с промежутками с использованием пакета JDGA (Jaguarundi Draft Genome Assembly) (Tamazian 2021).Отфильтрованные каркасы были отправлены в NCBI GenBank, и отчет NCBI Contamination Screen был получен. В отчете перечислены подмости и области подмостей, рекомендованные для удаления из сборки. После ручного просмотра каркасов и областей представленная сборка генома была обработана путем исключения указанных каркасов и жесткого маскирования (то есть заполнения Ns) указанных областей с помощью пакета JDGA. Полученная сборка была принята в NCBI GenBank (номер доступа GCA_014898765.1) и используется в последующем анализе.

Платформа вычислительного анализа

Сборка и анализ генома, представленные в этом исследовании, включают несколько взаимосвязанных вычислительных действий. Чтобы обеспечить прозрачность и воспроизводимость нашего исследования, мы организовали большую часть мероприятий в 2 конвейера, реализованных в Snakemake (Köster and Rahmann 2012). Первый конвейер включает выравнивание чтения и вызов вариантов и был запущен на многопроцессорном сервере с 64 процессорами, 512 ГБ ОЗУ и жестким диском SSD на 2 терабайта.Второй конвейер охватывает анализ генома и его аннотации и может быть запущен на обычном ноутбуке.

Конвейеры Snakemake содержат скрипты на Python и R, которые обрабатывают последовательность генома и данные аннотации. Основные процедуры этих скриптов организованы в пакете JDGA (Tamazian 2021), который сопровождает этот документ. R-скрипты конвейеров Snakemake используют подпрограммы из пакетов GenomicRanges (Лоуренс и др., 2013) и tidyverse (Уикхэм и др., 2019). В следующих подразделах мы явно ссылаемся на пакет JDGA и другие внешние программы, которые мы использовали для анализа данных.Внешние программы и их версии приведены в таблице 1.

Таблица 1. Программное обеспечение

и базы данных, используемые для сборки и анализа генома ягуарунди

BlobTools2 .0.0 (аннотация . 31) Snakemake6 3.0
Анализ . Программное обеспечение или база данных . Версия .
Сборка генома Supernova 2.1.1
Оценка сборки QUAST 5.0.2
BUSCO 4.1.4
Набор данных mammalian_odb10 OrthoDB Дата создания: 2020-09-10, количество BUSCO: 9226, количество видов: 24
2.3.3
UpSetR 1.4.0
Повторяющаяся аннотация на основе ссылок RepeatMasker 4.0.8 (запускается с blastp версии 2.0MP-WashU)
База данных обновлений RepBase 20181026
База данных Dfam Consensus 20181026
De novoasker
Аннотации генов, кодирующих белок BUSCO 4.0.4
Набор данных Carnivora_odb10 от OrthoDB Дата создания: 2019-11-20, количество видов BUSCO: 14502 12
BLAT 35
АВГУСТ 3.3.3
BEDTools 2.27.1
Считать отображение BWA 0.7.17-r1188
Samtools
FreeBayes 1.3.4
Прогнозирование эффекта варианта SnpEff 5.0
Анализ митохондриального генома NCBI BLAST 2.9.0+ (из пакета взрыва 2.9.0)
Circos 0,69–8
LAST 1060
Вспомогательные инструменты
Параллельный GNU 20150122
R 3.6.3
Геномные диапазоны 1.38.0 1.38.0 1.38.0
анализ генома 9088 Змейка 9088 .0
Анализ . Программное обеспечение или база данных . Версия .
Сборка генома Supernova 2.1.1
Оценка сборки QUAST 5.0.2
BUSCO набор данных Дата создания: 2020-09-10, количество BUSCO: 9226, количество видов: 24
BlobTools2 2.3.3. 20181026
База данных Dfam Консенсус 20181026
Повторить аннотацию De novo WindowMasker 1.0.0 (из package blast 2.2.31)
Аннотации генов, кодирующих белок BUSCO 4.0.4
Набор данных Carnivora_odb10 от OrthoDB Дата создания: 2019-11-20, количество видов: 1450 12
BLAT 35
AUGUSTUS 3.3.3
BEDTools 2.27.1 7.17-r1188
Samtools 1.11 (с использованием HTSlib 1.11)
Вариант вызова FreeBayes 1.3.4
E NCBI BLAST 2.9.0+ (из package blast 2.9.0)
Circos 0,69–8
LAST 1060 5.10.0 и 5.32.0
GNU Parallel 20150122
R 3.6.3
Геномные диапазоны
Таблица 1.

Программное обеспечение и базы данных, используемые для сборки и анализа генома ягуарунди

анализ генома 9088 Змейка 9088 .0
Анализ . Программное обеспечение или база данных . Версия .
Сборка генома Supernova 2.1.1
Оценка сборки QUAST 5.0.2
BUSCO набор данных Дата создания: 2020-09-10, количество BUSCO: 9226, количество видов: 24
BlobTools2 2.3.3. 20181026
База данных Dfam Консенсус 20181026
Повторить аннотацию De novo WindowMasker 1.0.0 (из package blast 2.2.31)
Аннотации генов, кодирующих белок BUSCO 4.0.4
Набор данных Carnivora_odb10 от OrthoDB Дата создания: 2019-11-20, количество видов: 1450 12
BLAT 35
AUGUSTUS 3.3.3
BEDTools 2.27.1 7.17-r1188
Samtools 1.11 (с использованием HTSlib 1.11)
Вариант вызова FreeBayes 1.3.4
E NCBI BLAST 2.9.0+ (из package blast 2.9.0)
Circos 0,69–8
LAST 1060 5.10.0 и 5.32.0
GNU Parallel 20150122
R 3.6.3
Геномные диапазоны
, 2020, дата создания -10, номер : 9226, количество видов: 24 .0.8 (запускается с версией blastp 2.0MP-WashU) Snakemake6 3.0
Анализ . Программное обеспечение или база данных . Версия .
Сборка генома Supernova 2.1.1
Оценка сборки QUAST 5.0.2
BUSCO 4.1.4
mammalian-09BUSSBUS, набор данных BUSCO6 от OrthoDB, дата создания
BlobTools2 2.3.3
UpSetR 1.4.0
Повторить аннотацию на основе ссылок
База данных обновлений RepBase 20181026
База данных Dfam Consensus 20181026
Окно аннотации De no 0 (из пакета blast 2.2.31)
Аннотации генов, кодирующих белок BUSCO 4.0.4
Набор данных Carnivora_odb10 OrthoDB Дата создания: 20.11.2019, количество BUSCO : 14502, количество видов: 12
BLAT 35
AUGUSTUS 3.3.3
BEDTools 2.27.1
Считать отображение BWA 0.7.17-r1188
Samtools
FreeBayes 1.3.4
Прогнозирование эффекта варианта SnpEff 5.0
Анализ митохондриального генома NCBI BLAST 2.9.0+ (из пакета взрыва 2.9.0)
Circos 0,69–8
LAST 1060
Вспомогательные инструменты
Параллельный GNU 20150122
R 3.6.3
Геномные диапазоны 1.38.0 1.38.0 1.38.0

Оценка сборки

Статистические данные о необработанных считываниях ягуарунди и собранной последовательности генома ягуарунди были предоставлены Supernova во время процесса сборки генома. Характеристики отфильтрованной сборки генома ягуарунди, которая была выпущена в NCBI GenBank, были оценены с использованием QUAST версии 5.0.2 (Гуревич и др., 2013) и пакета JDGA. Распределение элементов сборки было визуализировано графиком улитки, созданным с помощью программы BlobTools2 версии 2.3.3 (Чаллис и др., 2020). Совместное распределение содержимого GC и длины для каркасов короче 1 Мбит / с было визуализировано на отдельном рисунке с использованием пакета JDGA и сценария R из конвейера Snakemake.

Чтобы оценить полноту сборки генома ягуарунди, мы запустили BUSCO версии 4.1.4 (Seppey et al.2019) в режиме генома с эталонным набором однокопийных ортологов млекопитающих (набор данных mammalian_odb10; 9,226 генов) из OrthoDB. база данных (Кривенцева и др., 2019).На основе идентифицированных однокопийных генов BUSCO мы расположили фрагменты каркасов ягуарунди в блоки на хромосомных последовательностях сборки генома домашней кошки Felis_catus_9.0 (Buckley et al.2020) и визуализировали блоки. Каждый блок содержал не менее 2 последовательных однокопийных генов BUSCO, которые располагались на каркасе в том же порядке, что и на хромосоме домашней кошки. Суммирование результатов BUSCO, построение блоков и визуализация реализованы в пакете JDGA.

Чтобы сравнить сборку генома ягуарунди со сборкой генома гепарда и пумы, мы получили графики улиток и выполнили анализ BUSCO для их сборок NCBI RefSeq (доступ GCF_003709585.1 и GCF_003327715.1) так же, как и для сборки генома ягуарунди. Совместное распределение генов BUSCO по категориям в 3 геномных сборках было визуализировано на графике UpSet (Lex et al. 2014), созданном с использованием пакета UpSetR (Conway et al. 2017).

Прочитать выравнивание

чтения секвенированных самцов ягуарунди (индивидуальный HYA-1) были сопоставлены с нашей сборкой NCBI GenBank генома ягуарунди (доступ GCA_014898765.1) с добавленной сборкой митохондриального генома ягуарунди (Li et al.2016) из NCBI RefSeq (доступ NC_028311.1). Мы также выровняли показания полногеномного секвенирования самок ягуарунди (индивидуальный HJA5), представленные Li, et al. (2019) к тому же эталонному геному. Выравнивание было выполнено с использованием алгоритма MEM, реализованного в BWA версии 0.7.17-r1188 (Li 2013). BWA был запущен с параметрами -K 100000000 -R -Y, которые фиксировали количество входных баз в пакете, добавляли заголовки групп чтения к сгенерированным выравниваниям и указывали с помощью операций мягкого отсечения CIGAR для дополнительных выравниваний.

Выравнивания чтения были преобразованы из формата SAM в двоичный формат BAM с помощью инструмента просмотра из пакета Samtools (Li et al. 2009). Выравнивания были отфильтрованы с помощью программы просмотра Samtools, запущенной с параметрами -f3 -F2316, которая сохраняла первичные выравнивания парных чтений, отображенных в правильные пары, и удаляла несопоставленные чтения, выравнивания чтения без отображенных пар, вторичные и дополнительные выравнивания. Повторяющиеся выравнивания были удалены с помощью инструмента Samtools markdup, запущенного с параметром -r.Для обработки считанных выравниваний использовался Samtools версии 1.11.

Мы сопоставили чтения полногеномного секвенирования двух самцов гепарда, загруженные из NCBI RefSeq Sequence Read Archive (SRA), со сборкой NCBI RefSeq генома гепарда (доступ GCF_003709585.1). Для пумы мы выровняли показания полногеномного секвенирования 2 мужчин с сборкой NCBI RefSeq генома пумы (доступ GCF_003327715.1). Считывания пумы и сборка генома были получены от Saremi et al. (2019). Сборки генома гепарда и пумы включали митохондриальные геномы из NCBI RefSeq (доступ NC_005212.1 и NC_016470.1 соответственно). Выравнивание считывания и постобработка для гепарда и пумы выполнялись с использованием BWA и Samtools так же, как и для ягуарунди. Список наборов данных чтения полногеномного секвенирования с их записями в базе данных NCBI SRA приведен в дополнительной таблице 1.

Genome Annotation

Повторяет

Аннотации известных геномных повторов в сборке генома ягуарунди выполнялись NCBI с использованием RepeatMasker версии 4.0.8 (Смит, Хабли и Грин, 2013–2015 гг.) С объединенной базой данных RepBase Update версии 20181026 (Юрка и др., 2005 г.) и Dfam Consensus (Уиллер и др., 2013 г.). RepeatMasker был запущен с параметрами -engine wublast -species «puma yagouaroundi» -s -no_is -cutoff 255, которые указали, что он работает с BLAST Вашингтонского университета в качестве поисковой машины и использует Puma yagouaroundi в качестве исходного вида последовательности запроса в чувствительный режим без проверки бактериальных вставляемых элементов и с отсечкой для маскирующих повторов, установленной на 255.

Для аннотации повторов в сборке генома ягуарунди без использования базы данных мы запустили WindowMasker версии 1.0.0 (Morgulis et al. 2006) с параметрами по умолчанию. Мы сравнили повторяющиеся аннотации для jaguarundi, созданные RepeatMasker и WindowMasker, используя сценарий R из конвейера Snakemake.

Аннотации RepeatMasker для сборок генома гепарда и пумы были предоставлены NCBI. Для гепарда RepeatMasker версии 4.0.6 был запущен с базой данных RepBase Update версии 20150807 и с параметрами -engine wublast -species «Acinonyx jubatus» -s -no_is -cutoff 255 -frag 20000.Для puma RepeatMasker версии 4.0.8 был запущен с той же базой данных, что и для jaguarundi, и с параметрами -engine wublast -species «Puma concolor» -s -no_is -cutoff 255 -frag 20000.

Повторить аннотации для ягуарунди, гепарда, и сборки генома пумы были резюмированы сценарием R из конвейера Snakemake.

Гены, кодирующие белок

Мы аннотировали гены, кодирующие белок, в сборке генома ягуарунди в 2 этапа. Сначала мы запустили BUSCO версии 4.0.4 (Seppey et al. 2019) в режиме генома с эталонным набором генов плотоядных животных (dataset carnivora_odb10; 14 502 гена) из базы данных OrthoDB (Кривенцева и др., 2019). Полные однокопийные гены, идентифицированные BUSCO, составляли первую часть аннотированного набора генов.

Во-вторых, участки генов, идентифицированные на первом этапе, были жестко замаскированы в каркасах сборки ягуарунди. Последовательности CDS из сборки генома домашней кошки Felis_catus_9.0 (Buckley et al. 2020) были сопоставлены с жестко замаскированными каркасами с использованием BLAT версии 35 (Kent 2002).Полученные выравнивания и повторы RepeatMasker были переданы в инструмент прогнозирования генов AUGUSTUS версии 3.3.3 (Stanke et al. 2006) в качестве подсказок для предсказания генов без ссылок. AUGUSTUS был запущен в параллельном режиме с помощью программы GNU Parallel (Tange 2011).

Области генов, предсказанные AUGUSTUS, были пересечены с генами, идентифицированными BUSCO, с использованием BEDTools версии 2.27.1 (Quinlan and Hall 2010). Затем мы сформировали вторую часть аннотированного набора генов из генов, предсказанных AUGUSTUS, которые не перекрывались ни с какими генами, предсказанными BUSCO.

Каркасы хромосомы X

Мы идентифицировали каркасы из X-хромосомы ягуарунди, используя блоки X-сцепленных генов BUSCO. Мы предположили, что каркас принадлежит Х-хромосоме, если более половины его покрыто блоками, расположенными на Х-хромосоме домашней кошки. Процедура идентификации каркасов была реализована в сценарии R из конвейера Snakemake.

Геномные варианты

геномных варианта были получены из отфильтрованных выравниваний чтения с использованием FreeBayes версии 1.3.4 (Гарнизон и март 2012 г.). Опция — стандартные фильтры, которые включают строгие фильтры для базового и картографического качества, были указаны для генотипирования FreeBayes. FreeBayes был запущен в параллельном режиме с использованием оболочки из пакета JDGA, которая разбивала эталонный геном на сегменты с промежутками в 10 кб или более и отфильтровывала варианты с качеством менее 30. Гаплоидные варианты вызывались в каркасах Х-хромосомы для мужчин jaguarundi (HYA-1) и в митохондриальном геноме обоих ягуарунди (HYA-1 и HJA5).Оба ягуарунди были генотипированы отдельно друг от друга. Генотипы геномных вариантов двух ягуарунди сравнивали друг с другом с использованием подпрограмм из пакета JDGA и сценария R из конвейера Snakemake.

Эффекты идентифицированных геномных вариантов были предсказаны в отношении аннотированных генов, кодирующих белок, с использованием SnpEff версии 5.0 (Cingolani et al. 2012). SnpEff был запущен с параметрами -no-downstream -no-intergenic -no-intron -no-upstream -no-utr, которые отключили отображение большинства эффектов для вариантов за пределами кодирующих областей.

Геномные варианты для двух особей гепарда и двух особей пумы были названы так же, как и для самцов ягуарунди. Для ягуарунди и гепарда размеры генома оценивали путем умножения общего числа двуаллельных гетерозиготных диплоидных SNP и двуаллельных альтернативных гаплоидных SNP на средние расстояния между гетерозиготными SNP, сообщенные Supernova. Для этого анализа использовались SNP от людей, использованных для создания геномных сборок ягуарунди и гепарда.Чтобы оценить гетерозиготность по всему геному, мы исключили митохондриальный геном и каркасы из Х-хромосомы. Гетерозиготность оценивали как отношение количества двуаллельных гетерозиготных SNP в выбранных каркасах к общему размеру этих каркасов.

Статистические данные по идентифицированным геномным вариантам, их прогнозируемым эффектам, предполагаемой гетерозиготности и отношения переход-трансверсия были получены с использованием пакета JDGA и сценариев R из конвейера Snakemake.

Анализ митохондриального генома

Мы оценили охват митохондриального генома ягуарунди секвенированными считываниями двух ягуарунди, используя их отфильтрованное сопоставление считываний.Покрытие рассчитывалось в неперекрывающихся окнах в 100 п.п. с использованием инструмента bedcov от Samtools (Li et al. 2009). Координаты окна были получены с помощью инструмента makewindows от BEDTools (Quinlan and Hall 2010). Покрытие считыванием обоих ягуарунди было визуализировано на круговой диаграмме, созданной Circos версии 0.69–8 (Krzywinski et al. 2009). График Circos также включал аннотацию митохондриального генома, полученную из NCBI RefSeq, предполагаемые варианты вставки-делеции для 2 ягуарунди и области митохондриального генома, исследованные в предыдущих исследованиях (Ruiz-García and Pinedo-Castro 2013; Ruiz-García et al. .2018). Эти участки митохондриального генома были получены путем выравнивания последовательностей из NCBI GenBank с митохондриальным геномом ягуарунди с использованием программы LAST выравнивания версии 1060 (Kiełbasa et al. 2011).

Результаты

Для самца ягуарунди HYA-1 Illumina NovaSeq 6000 произвел 918,05 миллионов считываний парных штрих-кодов с 2 дорожек проточной ячейки. Считанные штрих-коды идентифицировали молекулы ДНК из библиотеки секвенирования Chromium, и менее 5% считываний не были закодированы.Длина необработанного одиночного считывания составляла 151 пара оснований (п.о.). Статистические данные, представленные Supernova для секвенированных считываний и собранной последовательности генома, приведены в дополнительной таблице 2.

Мы идентифицировали 521 повторяющийся каркас и 20 каркасов, которые состояли из символов пробела в первом псевдогаплотипе, произведенном Supernova. NCBI Contamination Screen сообщил о 7 каркасах, полученных из контаминации (5 фрагментов митохондриального генома ягуарунди, фрагмент митохондриального генома человека и геном бактериофага phi X 174) и 25 областей праймерных или адаптерных последовательностей в 21 каркасе.Мы исключили повторяющиеся каркасы, каркасы, содержащие только промежутки, и каркасы, происходящие от контаминации, и жестко замаскировали последовательности праймеров или адаптеров их боковыми сторонами. Общий размер каркасов, полученных из контаминации, составлял 37 732 п.н., а жесткая маскировка изменяла 1014 п.н. в последовательностях каркасов. Сборка отфильтрованного генома была опубликована в NCBI GenBank, и ее статистика представлена ​​в дополнительной таблице 3.

Сборка генома ягуарунди состоит из 10 947 каркасов с общей длиной 2,47 Гбит / с и каркасом N50 49.3 Мбит / с. Значение подмостей L90 равно 61, что означает, что 90% монтажной длины составляют менее 1% подмостей. Распределение длин каркасов и содержания GC визуализируется графиком улитки для всей сборки (рисунок 1) и графиком разброса для каркасов короче 1 Мбит / с (дополнительная таблица 4 и дополнительный рисунок 1). Распределение, визуализированное графиком улитки, соответствует сборке на уровне каркаса, который содержит серию больших каркасов, длина плеча которых составляет хромосомы.Диаграмма разброса показывает отсутствие смещения между длиной и содержанием GC коротких каркасов.

Рисунок 1.

Резюме сборки генома ягуарунди. Монтажные леса показаны темно-серыми полосами на внутренней стороне круга. Радиус круга — это длина самых длинных лесов в сборке. Стержни строительных лесов следуют друг за другом по часовой стрелке в соответствии с длинами каркасов, начиная с самого длинного каркаса, который представлен красным сектором в центре круга.Ширина планки уменьшается с увеличением размера каркаса, что приводит к увеличению плотности каркасов меньшего размера при повороте по часовой стрелке. Светло-серая спираль в центре графика показывает совокупное количество каркасов для соответствующей точки на круге. И длина каркаса (темно-серый), и совокупный счет (светло-серый) показаны в логарифмической шкале. Оранжевая круглая полоса обозначает область, которая соответствует длине каркаса, превышающей длину каркаса N50. Светло-оранжевая круглая полоса отмечает область между длинами лесов N50 и N90.Внешнее кольцо круга визуализирует GC и содержимое промежутков в каркасах. Волнообразный узор на участке внешнего кольца между отметками 90% и 0% является артефактом перекрытия, вызванным множеством небольших каркасов, соответствующих этой области. Сводка генов набора данных OrthoDB’s mammalia_odb10, идентифицированных в сборке BUSCO, приведена в верхнем правом углу рисунка. Процент зазора в сборке и процентное соотношение пар оснований GC и AT в последовательности сборки без зазоров приведены в правом нижнем углу рисунка.

Рисунок 1.

Резюме сборки генома ягуарунди. Монтажные леса показаны темно-серыми полосами на внутренней стороне круга. Радиус круга — это длина самых длинных лесов в сборке. Стержни строительных лесов следуют друг за другом по часовой стрелке в соответствии с длинами каркасов, начиная с самого длинного каркаса, который представлен красным сектором в центре круга. Ширина планки уменьшается с увеличением размера каркаса, что приводит к увеличению плотности каркасов меньшего размера при повороте по часовой стрелке.Светло-серая спираль в центре графика показывает совокупное количество каркасов для соответствующей точки на круге. И длина каркаса (темно-серый), и совокупный счет (светло-серый) показаны в логарифмической шкале. Оранжевая круглая полоса обозначает область, которая соответствует длине каркаса, превышающей длину каркаса N50. Светло-оранжевая круглая полоса отмечает область между длинами лесов N50 и N90. Внешнее кольцо круга визуализирует GC и содержимое промежутков в каркасах.Волнообразный узор на участке внешнего кольца между отметками 90% и 0% является артефактом перекрытия, вызванным множеством небольших каркасов, соответствующих этой области. Сводка генов набора данных OrthoDB’s mammalia_odb10, идентифицированных в сборке BUSCO, приведена в верхнем правом углу рисунка. Процент зазора в сборке и процентное соотношение пар оснований GC и AT в последовательности сборки без зазоров приведены в правом нижнем углу рисунка.

Более 91% универсальных однокопийных ортологов (BUSCO) млекопитающих были идентифицированы в полной единственной копии в собранном геноме ягуарунди (рисунок 1 и дополнительная таблица 5).Блоки, образованные последовательными полными однокопийными BUSCO между ягуарунди и домашней кошкой, показаны на фиг. 2 и перечислены в дополнительной таблице 6. Каркасы, которые содержат по крайней мере один блок, составляют более 96% сборки генома ягуарунди.

Рисунок 2.

Фрагменты каркасов из сборки генома ягуарунди, расположенные на хромосомах домашней кошки. Фрагменты показаны синими блоками с черным контуром. Короткие фрагменты показаны черными полосами без синей заливки.Белые блоки показывают хромосомы домашней кошки с предполагаемыми положениями центромер, как указано в сборке Felis_catus_9.0 генома домашней кошки. Фрагменты были образованы последовательными генами BUSCO из набора данных OrthoDB’s mammalia_odb10. Порядок генов BUSCO во фрагментах сохранялся между каркасами ягуарунди и хромосомами домашних кошек. Каждый блок содержит как минимум 2 гена BUSCO.

Рисунок 2.

Фрагменты каркасов из сборки генома ягуарунди, расположенные на хромосомах домашней кошки.Фрагменты показаны синими блоками с черным контуром. Короткие фрагменты показаны черными полосами без синей заливки. Белые блоки показывают хромосомы домашней кошки с предполагаемыми положениями центромер, как указано в сборке Felis_catus_9.0 генома домашней кошки. Фрагменты были образованы последовательными генами BUSCO из набора данных OrthoDB’s mammalia_odb10. Порядок генов BUSCO во фрагментах сохранялся между каркасами ягуарунди и хромосомами домашних кошек. Каждый блок содержит как минимум 2 гена BUSCO.

На основе блоков BUSCO идентифицировано 13 каркасов, принадлежащих X-хромосоме генома ягуарунди. Поскольку секвенированная особь ягуарунди была самцом, на ее Х-хромосоме не должно быть геномных вариантов, за исключением псевдоавтосомных областей. Как и ожидалось, мы наблюдали небольшое количество вариантов на идентифицированных каркасах Х-хромосомы. Общая длина каркасов Х-хромосомы и количество вариантов в них приведены в дополнительной таблице 7.

RepeatMasker идентифицировал 43% сборки генома ягуарунди как геномные повторы, что согласуется с процентом повторов RepeatMasker у домашней кошки. геном (Бакли и др.2020). Используя WindowMasker, мы идентифицировали 296 Мбит / с предполагаемых геномных повторов помимо тех, которые были аннотированы RepeatMasker. Сводные данные о повторах RepeatMasker и WindowMasker в собранном геноме ягуарунди приведены в дополнительных таблицах 8 и 9.

Мы получили двойной набор из 20 287 аннотированных генов, кодирующих белок в сборке генома ягуарунди (дополнительная таблица 10). Из этих генов 12612 были идентифицированы с помощью BUSCO и имеют аннотированные гомологи из набора данных OrthoDB ортологов единичных копий хищников.Оставшиеся 7675 генов были аннотированы с использованием безреференсного подхода, реализованного в AUGUSTUS. Общее количество аннотированных генов близко к 19748 генам, кодирующим белок, идентифицированным в сборке генома домашней кошки (Buckley et al.2020).

Мы идентифицировали 6,17 миллиона геномных вариантов, включая 35 148 изменений в кодирующих областях, в нашем проекте сборки генома ягуарунди (дополнительные таблицы 11 и 12). Как и ожидалось для индивидуума с эталонным геномом, более 97,5% идентифицированных вариантов были двуаллельными и гетерозиготными.У другой особи ягуарунди (HJA5) мы идентифицировали 6,19 миллиона геномных вариантов, из которых 44,3% были двуаллельными и имели альтернативный гомозиготный генотип (дополнительная таблица 11). Сравнение генотипов двух ягуарунди в двуаллельных гетерозиготных локусах эталонной особи (дополнительная таблица 13) подтвердило высокую генетическую изменчивость видов, как сообщалось в предыдущих исследованиях (Ruiz-García et al. 2018). Аннотации различных эффектов показали, что большинство эффектов были синонимичными и миссенс-мутациями, вызванными SNP (дополнительная таблица 14).Несмотря на достаточный охват митохондриального генома выровненными считываниями, только один предполагаемый вариант вставки-делеции был идентифицирован у 2 ягуарунди (дополнительный рисунок 2). Выявленный вариант находился за пределами участков митохондриального генома, проанализированных в предыдущих исследованиях (Руис-Гарсия и Пинедо-Кастро, 2013; Руис-Гарсия и др., 2018).

Мы продемонстрировали, что количество идентифицированных геномных вариантов согласуется со средними расстояниями между гетерозиготными SNP, сообщенными Supernova для ягуарунди и гепарда (дополнительная таблица 15).Ранжирование 6 особей из 3 видов по гетерозиготности по всему геному на основе идентифицированных геномных вариантов соответствовало результатам, приведенным в Dobrynin et al. (2015) и Сареми и др. (2019): ягуарунди были наиболее гетерозиготными видами, за ними следовали пума и гепард (дополнительная таблица 16). Коэффициенты перехода-трансверсии для 3 видов (дополнительная таблица 17) соответствовали заявленным значениям для пумы (Ochoa et al.2019) и домашней кошки (Buckley et al.2020).

Мы получили статистику сборки (дополнительные рисунки 3 и 4, дополнительная таблица 2), идентифицировали гены BUSCO (дополнительная таблица 18), сконструировали блоки генов BUSCO (дополнительные рисунки 5 и 6, дополнительная таблица 6) и аннотированные повторы и геномные варианты (дополнительная таблица). Таблицы 19–22) для ансамблей генома гепарда и пумы. Пересечения категорий генов BUSCO между тремя сборками генома показаны на рисунке 3.

Рисунок 3.

Пересечения генов BUSCO из 4 категорий: единичная копия (S), отсутствующая (M), фрагментированная (F) и дублированная (D) в геномных сборках ягуарунди (PYA), гепарда (AJU) и пумы (PCO) ).

Рисунок 3.

Пересечения генов BUSCO из 4 категорий: одиночная копия (S), отсутствующая (M), фрагментированная (F) и дублированная (D) в геномных сборках ягуарунди (PYA), гепарда (AJU) и пума (PCO).

Обсуждение

В этой статье мы представляем сборку на уровне каркаса генома ягуарунди ( Puma yagouaroundi ).Представленная сборка содержит серию каркасов шкалы хромосомных плеч и согласуется с доступными сборками генома двух других видов из линии Puma: гепарда ( Acinonyx jubatus ) и горного льва ( Puma concolor ). Мы оценили сборки и предоставили аннотированные гены, повторы и геномные варианты, полученные прозрачным и воспроизводимым способом. В то время как сборка генома пумы показывает наивысшее значение N50 каркаса, сборки генома трех видов линии Puma демонстрируют сходные характеристики, которые указывают на сопоставимые уровни сборки генома.Содержание повторов в 3 сборках относительно консервативно и составляет около 40% генома. Чтобы продемонстрировать высокую степень смежности собранного генома ягуарунди, мы представляем результаты BUSCO и показываем, что особенности аннотированных элементов генома согласуются друг с другом и с аналогичными особенностями сборок генома гепарда и пумы. Предполагаемая гетерозиготность трех видов согласуется с предыдущими исследованиями популяционной структуры и демографической истории видов линии Puma (Dobrynin et al.2015; Сареми и др. 2019).

Добавление первой сборки генома ягуарунди к совокупности геномов гепарда и пумы открывает новые возможности для изучения популяционной структуры и геномики сохранения, исследования эволюции и адаптации млекопитающих, а также улучшения аннотаций генов в семействе Felidae. Представленный набор данных и соответствующая вычислительная структура будут ценным ресурсом для внутри- и межвидовых исследований линии Puma и Felidae в целом.

Благодарности

Авторы благодарны Митчеллу Бушу за сбор образца клеточной линии. Авторы благодарны Мэри Томпсон (NCI-Frederick) за создание клеточной линии.

Финансирование

Работа поддержана Российским фондом фундаментальных исследований, проект РФФИ 20-34-70055. А.К. и А.З. были поддержаны Правительством Российской Федерации в рамках Программы стипендий и профессоров Университета ИТМО.Выделение ДНК и контроль качества образцов ягуарунди финансировались грантом Российского научного фонда (№ 19-14-00034 на имя P.L.P., N.A.S., S.K. and A.S.G.).

Доступность данных

Мы депонировали следующие первичные данные, лежащие в основе представленного анализа:

Ссылки

Шестигранник

JA

.

1919

.

Заметки о синонимии и номенклатуре мелких пятнистых кошек тропической Америки

.

Булл Ам Мус Нат Хист

.

41

:

341

419

.

Бакли

RM

,

Дэвис

BW

,

Brashear

WA

,

Фариас

FHG

,

Куроки

K

000

000

000

000

000

000

0002

Kremitzki

M

,

Li

G

,

Middleton

RP

и др.

2020

.

Новая сборка генома домашней кошки, основанная на считывании длинной последовательности, расширяет возможности геномной медицины кошек и определяет новый ген карликовости

.

PLoS Genet

.

16

:

e1008926

.

Кабрера

А

.

1958

.

Catalogo de los Mamiferos de America del Sur

.

Ciencias Zoologicas

.

4

:

1

308

.

Challis

R

,

Richards

E

,

Rajan

J

,

Cochrane

G

,

Blaxter

M

.

2020

.

BlobToolKit — интерактивная оценка качества сборки генома

.

G3 (Bethesda)

.

10

:

1361

1374

.

Cingolani

P

,

Platts

A

,

Wang

le L

,

Coon

M

,

Nguyen

T

,

9000 9000 Land

,

9000 9000 Lang 9000 ,

Лю

X

,

Руден

DM

.

2012

.

Программа для аннотирования и прогнозирования эффектов однонуклеотидных полиморфизмов, SnpEff: SNP в геноме штамма Drosophila melanogaster w1118; изо-2; iso-3

.

Флай (Остин)

.

6

:

80

92

.

Конвей

JR

,

Lex

A

,

Gehlenborg

N

.

2017

.

UpSetR: пакет R для визуализации пересекающихся множеств и их свойств

.

Биоинформатика

.

33

:

2938

2940

.

от Silva

LG

,

от Oliveira

TG

,

Kasper

CB

,

Cherem

JJ

,

Moraes

EA

000 Eur

000

000 Pavi

000,

000 Pavi E

.

2016

.

Биогеография полиморфных фенотипов: картирование и экологическое моделирование вариантов окраски шерсти у неуловимой неотропической кошки, ягуарунди ( Puma yagouaroundi )

.

Дж Зоол

.

299

:

295

303

.

де Оливейра

TG

.

1998

.

Herpailurus yagouaroundi

.

Виды млекопитающих

.

578

:

1

6

. DOI: 10,2307 / 3504500.

Добрынин

П

,

Лю

S

,

Тамазян

G

,

Сюн

Z

,

Юрченко

AA

000,

000

000 Крашенинкова

000

000 Крашенинкова

Schmidt-Küntzel

A

,

Koepfli

KP

,

Johnson

W

и др.

2015

.

Геномное наследие африканского гепарда, Acinonyx jubatus

.

Биология генома

.

16

:

277

.

Eroğlu

HE

.

2017

.

Сравнение видов Felidae с индексом симметрии / асимметрии кариотипа

.

Пенджабский университет J Zool

.

32

:

229

235

.

Espinosa

CC

,

Trigo

TC

,

Tirelli

FP

,

da Silva

LG

,

Eizirik

E

,

Queirolo ,

Peters

FB

,

Favarini

MO

,

de Freitas

TRO

.

2017

.

Моделирование географического распределения маргаев ( Leopardus wiedii ) и ягуарунди ( Puma yagouaroundi ): сравнительная оценка

.

Дж Млекопитающее

.

99

:

252

262

.

Гарнизон

E

,

Март

G

.

2012

.

Обнаружение вариантов на основе гаплотипов из короткого секвенирования

.

Препринт arXiv arXiv: 1207.3907

.

Графодацкий

A

,

Перельман

P

,

O’Brien

SJ

.

2020

.

Атлас хромосом млекопитающих

.

Хобокен, Нью-Джерси

:

John Wiley & Sons, Inc

.

Гуревич

А

,

Савельев

В

,

Вяххи

N

,

Tesler

G

.

2013

.

QUAST: инструмент оценки качества сборки генома

.

Биоинформатика

.

29

:

1072

1075

.

Джексон

P

,

Nowell

K

.

1996

.

Дикие кошки: обзор состояния и план действий по сохранению

.

Гланд, Швейцария

:

МСОП

.

Johnson

WE

,

Eizirik

E

,

Pecon-Slattery

J

,

Murphy

WJ

,

Antunes

A

0003000

9000 Eeling

0003000

Eeling 9000

SJ

.

2006

.

Позднее миоценовое излучение современных кошачьих: генетическая оценка

.

Наука

.

311

:

73

77

.

Jurka

J

,

Kapitonov

VV

,

Pavlicek

A

,

Klonowski

P

,

Kohany

O

000

000

2005

.

Repbase Update, база данных повторяющихся эукариотических элементов

.

Cytogenet Genome Res

.

110

:

462

467

.

Кент

WJ

.

2002

.

BLAT — инструмент для центровки типа BLAST

.

Genome Res

.

12

:

656

664

.

Kiełbasa

SM

,

Wan

R

,

Sato

K

,

Horton

P

,

Frith

MC

.

2011

.

Сравнение геномных последовательностей адаптивных семян

.

Genome Res

.

21

:

487

493

.

Китченер

AC

,

Breitenmoser-Würsten

C

,

Eizirik

E

,

Gentry

A

,

Werdelin

0002

Werdelin

L

,

Абрамов

AV

,

Christiansen

P

,

Driscoll

C

.

2017

.

Пересмотренная таксономия кошачьих: окончательный отчет Рабочей группы по классификации кошек Группы специалистов по кошачьим

МСОП.

Специальный выпуск Cat News

11

,

1

80

.

Köster

J

,

Rahmann

S

.

2012

.

Snakemake — масштабируемый механизм рабочего процесса биоинформатики

.

Биоинформатика

.

28

:

2520

2522

.

Кривенцева

EV

,

Кузнецов

D

,

Tegenfeldt

F

,

Manni

M

, 9000 FA2 Dias

R

,

Sim

2019

.

OrthoDB v10: выборка разнообразных геномов животных, растений, грибов, протистов, бактерий и вирусов для эволюционной и функциональной аннотации ортологов

.

Nucleic Acids Res

.

47

:

D807

D811

.

Krzywinski

M

,

Schein

J

,

Birol

I

,

Connors

J

,

Gascoyne

R

000

Horsman

Horsman

Марра

MA

.

2009

.

Circos: информационная эстетика для сравнительной геномики

.

Genome Res

.

19

:

1639

1645

.

Лоуренс

M

,

Huber

W

,

Pagès

H

,

Aboyoun

P

,

Carlson

M

,

000 RR

000 M

Gentleman

Кэри

VJ

.

2013

.

Программное обеспечение для вычисления и аннотирования диапазонов генома

.

PLoS Comput Biol

.

9

:

e1003118

.

Lex

A

,

Gehlenborg

N

,

Strobelt

H

,

Vuillemot

R

,

Pfister

H

.

2014

.

UpSet: визуализация пересекающихся множеств

.

Вычислительный график IEEE Trans Vis

.

20

:

1983

1992

.

Li

H

.

2013

.

Выравнивание последовательностей считываний, последовательностей клонирования и контигов сборки с помощью BWA-MEM

.

Препринт arXiv arXiv: 1207.3907

.

Li

G

,

Davis

BW

,

Eizirik

E

,

Murphy

WJ

.

2016

.

Филогеномные доказательства древней гибридизации в геномах живых кошек (Felidae)

.

Genome Res

.

26

:

1

11

.

Li

G

,

Фигейро

HV

,

Eizirik

E

,

Murphy

WJ

.

2019

.

Филогеномика с учетом рекомбинации выявляет структурированный геномный ландшафт гибридизующихся видов кошек

.

Мол Биол Эвол

.

36

:

2111

2126

.

Li

H

,

Handsaker

B

,

Wysoker

A

,

Fennell

T

,

Ruan

J

,

Homer

J

Abecasis

G

,

Durbin

R

;

1000 Подгруппа обработки данных проекта генома

.

2009

.

Формат выравнивания / карты последовательностей и SAMtools

.

Биоинформатика

.

25

:

2078

2079

.

Morgulis

A

,

Gertz

EM

,

Schäffer

AA

,

Agarwala

R

.

2006

.

WindowMasker: оконный маскер для секвенированных геномов

.

Биоинформатика

.

22

:

134

141

.

O’Brien

SJ

,

Johnson

WE

.

2007

.

Эволюция кошек

.

Научный сотрудник

.

297

:

68

75

.

О’Брайен

SJ

,

Джонсон

W

,

Дрисколл

C

,

Pontius

J

,

Pecon-Slattery

Ray Men

,

2008

.

Состояние геномики кошек

.

Тенденции Генет

.

24

:

268

279

.

Очоа

A

,

Онорато

DP

,

Fitak

RR

,

Roelke-Parker

ME

,

Culver

M

.

2019

.

Сборка и аннотация De novo из родительского генома и генома пумы F1 программы генетического восстановления флоридской пантеры

.

G3 (Bethesda)

.

9

:

3531

3536

.

Quinlan

AR

,

Холл

IM

.

2010

.

BEDTools: гибкий набор утилит для сравнения геномных характеристик

.

Биоинформатика

.

26

:

841

842

.

Руис-Гарсия

M

,

Пинедо-Кастро

M

.

2013

.

Анализ популяционной генетики и филогеографии ягуарунди ( Puma yagouarundi ) с помощью трех митохондриальных маркеров: первое молекулярное популяционное исследование этого вида.

In:

Ruiz-Garcia

M

,

Shostell

JM

, редакторы.

Молекулярная популяционная генетика, эволюционная биология и биологическая охрана неотропических плотоядных животных

.

Нью-Йорк

:

Нова Паблишерс

.

Руис-Гарсия

M

,

Пинедо-Кастро

M

,

Shostell

JM

.

2018

.

Митогеномика ягуарунди ( Puma yagouaroundi , Felidae, Carnivora): расхождение между морфологическими подвидами и молекулярными данными

.

Мамм Биол

.

93

:

153

168

.

Sambrook

J

,

Fritsch

EF

,

Maniatis

T

.

1989

.

Молекулярное клонирование: лабораторное руководство

.

Нью-Йорк

:

Лабораторный пресс в Колд-Спринг-Харбор

.

Saremi

NF

,

Supple

MA

,

Byrne

A

,

Cahill

JA

,

Coutinho

LL

,

0003,

, Dal

Johnson

WE

,

Milne

HJ

,

O’Brien

SJ

и др.

2019

.

Геномы пумы из Северной и Южной Америки дают представление о геномных последствиях инбридинга

.

Нац Коммуна

.

10

:

4769

.

Seppey

M

,

Manni

M

,

Zdobnov

EM

.

2019

.

BUSCO: оценка сборки генома и полноты аннотации

.

Методы Мол Биол

.

1962

:

227

245

.

Smit

AFA

,

Hubley

R

,

Зеленый

P

.

2013–2015

.

RepeatMasker Open-4.0

.

Станке

M

,

Schöffmann

O

,

Morgenstern

B

,

Waack

S

.

2006

.

Прогнозирование генов у эукариот с помощью обобщенной скрытой марковской модели, которая использует подсказки из внешних источников

.

BMC Bioinf

.

7

:

62

.

Санквист

ME

,

Санквист

FC

.

2009

.

Семейство Felidae (кошки).

In:

Wilson

DE

,

Mittermeier

RA

,

Cavallini

P

, редакторы.

Справочник млекопитающих мира

, Vol.

1

.

Барселона, Испания

:

Lynx Edicions

. п.

54

169

.

Танец

O

.

2011

.

GNU Parallel — инструмент командной строки

.

логин: журнал USENIX

.

36

:

42

47

.

Weisenfeld

NI

,

Kumar

V

,

Shah

P

,

Church

DM

,

Jaffe

DB

.

2017

.

Прямое определение диплоидных последовательностей генома

.

Genome Res

.

27

:

757

767

.

Wheeler

TJ

,

Clements

J

,

Eddy

SR

,

Hubley

R

,

Jones

TA

,

000

000 Smit

,

000 Jurka

Финн

RD

.

2013

.

Dfam: база данных повторяющейся ДНК на основе профилей скрытых моделей Маркова

.

Nucleic Acids Res

.

41

:

D70

D82

.

Wickham

H

,

Averick

M

,

Bryan

J

,

Chang

W

,

McGowan

LDA

000 RR

9ç2

Hayes

A

,

Henry

L

,

Hester

J

.

2019

.

Добро пожаловать в Tidyverse

.

Журнал открытого программного обеспечения

.

4

:

1686

.

Wurster-Hill

DH

,

Серый

CW

.

1973

.

Образцы полос Гимзы в хромосомах двенадцати видов кошек (Felidae)

.

Cytogenet Cell Genet

.

12

:

388

397

.

© Американская генетическая ассоциация. 2021 г.

Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial (https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/), которая разрешает некоммерческое повторное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии правильного цитирования оригинала. По вопросам коммерческого повторного использования обращайтесь по адресу [email protected]

Исследования компьютерной геномики на серии конференций по биоинформатике в Новосибирске | BMC Genomics

  • 1.

    Орлов Ю.Л., Кочетов А.В., Ли Г, Колчанов Н.А. Геномические исследования на конференции «Биоинформатика регуляции и структуры генома \ Системная биология» в Новосибирске. BMC Genomics. 2019; 20 (Приложение 3): 322.

  • 2.

    Баранова А.В., Климонтов В.В., Летягин А.Ю., Орлов Ю.Л. Исследования медицинской геномики на BGRS-2018. BMC Med Genomics. 2019; 12 (Приложение 2): 36.

  • 3.

    Орлов Ю.Л., Хофестедт Р, Баранова А.В. Исследования системной биологии на БГРС-2018. BMC Syst Biol. 2019; 13 (Приложение 1): 21.

  • 4.

    Татаринова Т.В., Чен М., Орлов Ю.Л. Биоинформатические исследования на БГРС-2018. BMC Bioinformatics. 2019; 20 (Приложение 1): 33.

  • 5.

    Орлов Ю.Л., Баранова А.В., Колчанов Н.А., Мороз ЛЛ. Эволюционная биология и исследования биоразнообразия на БГРС-2018. BMC Evol Biol. 2019; 19 (Приложение 1): 43.

  • 6.

    Орлов Ю.Л., Татаринова Т.В., Кочетов А.В. Вычислительные модели в генетике на BGRS-2018. BMC Genet. 2019; 20 (Приложение 1): 28.

  • 7.

    Баранова А.В., Скоблов М.Ю., Воропаева Е.Н., Шанмугавель П, Орлов Ю.Л.Исследования медицинской генетики в серии конференций BGRS. BMC Med Genet. 2019; 20 (Приложение 1): 50.

  • 8.

    Орлов Ю.Л., Салина Е.А., Эслами Г., Кочетов А.В. Биологические исследования растений на БГРС-2018. BMC Plant Biol. 2019; 19 (Приложение 1): 56.

  • 9.

    Хайнемейер Т., Вингендер Э, Рейтер И., Хермякоб Х., Кель А.Е., Кель О.В., Игнатьева Е.В., Ананко Е.А., Подколодная О.А., Колпаков Ф.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Базы данных по регуляции транскрипции: TRANSFAC, TRRD и COMPEL. Nucleic Acids Res. 1998. 26 (1): 362–7.

    CAS Статья Google ученый

  • 10.

    Колпаков Ф.А., Ананко Е.А., Колесов ГБ, Колчанов Н.А. GeneNet: база данных генной сети и ее автоматизированная визуализация. Биоинформатика. 1998. 14 (6): 529–37.

    CAS Статья Google ученый

  • 11.

    Орлов Ю.Л., Баранова А.В., Хофештадт Р, Колчанов Н.А. Вычислительная геномика на BGRS \ SB-2016: вводная информация. BMC Genomics.2016; 17 (Приложение 14): 996.

  • 12.

    Орлов Ю.Л., Баранова А.В., Маркель АЛ. Вычислительные модели в генетике на BGRS \ SB-2016: вводная информация. BMC Genet. 2016; 17 (Приложение 3): 155.

  • 13.

    Баранова А.В., Орлов Ю.Л. Эволюционная биология на BGRS \ SB-2016. BMC Evol Biol. 2017; 17 (Приложение 1): 21.

    Артикул Google ученый

  • 14.

    Орлов Ю.Л., Баранова А.В., Салина Е.А. Вычислительная бионаука растений на BGRS \ SB-2016.Вступительное примечание. BMC Plant Biol. 2016; 16 (Приложение 3): 243.

  • 15.

    Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Бажан С.И., Гайнова И.А., Черешнев В.А., Бочаров Г.А. Математическая модель tat-rev регуляции репликации ВИЧ-1 в активированной клетке предсказывает наличие колебательной динамики в синтезе вирусных компонентов. BMC Genomics. 2014; 15 (Приложение 12): S1.

    Артикул Google ученый

  • 16.

    Хлебодарова Т.М., Ри Н.А., Лихошвай В.А.О механизмах контроля уровня нитритов в клетках Escherichia coli: математическая модель. BMC Microbiol. 2016; 16 (Приложение 1): 7.

    Артикул Google ученый

  • 17.

    Кулаковский И.В., Воронцов И.Е., Евшин И.С., Шарипов Р.Н., Федорова А.Д., Румынский Е.И., Медведева Ю.А., Магана-Мора А, Бажич В.Б., Папаценко Д.А., Колпаков Ф.А., Макеев В.Ю. HOCOMOCO: к полной коллекции моделей связывания факторов транскрипции для человека и мыши с помощью крупномасштабного анализа ChIP-Seq.Nucleic Acids Res. 2018; 46 (D1): D252–9.

    CAS Статья Google ученый

  • 18.

    Орлов Ю.Л., Баранова А.В., Хофестедт Р., Колчанов Н.А. Геномика на Беляевской конференции — 2017. BMC Genomics. 2018; 19 (Приложение 3): 79.

    Артикул Google ученый

  • 19.

    Орлов Ю.Л., Баранова А.В., Гербек Ю.Е. Эволюционная биология на Беляевской конференции — 2017. BMC Evol Biol. 2017; 17 (Приложение 2): 260.

    Артикул Google ученый

  • 20.

    Орлов Ю.Л., Мороз Л.Л., Баранова А.В. Нейробиологические исследования на Беляевской конференции-2017. BMC Neurosci. 2018; 19 (Приложение 1): 14.

    Артикул Google ученый

  • 21.

    Орлов Ю.Л., Баранова А.В., Татаринова Т.В., Колчанов Н.А. Генетика на Беляевской конференции — 2017: вступительная записка. BMC Genet. 2017; 18 (Приложение 1): 116.

    Артикул Google ученый

  • 22.

    Орлов Ю.Л., Баранова А.В., Чен М, Салина Е.А. Биология растений на Беляевской конференции — 2017. BMC Plant Biol. 2017; 17 (Приложение 2): 257.

    Артикул Google ученый

  • 23.

    Орлов Ю.Л., Фернандес-Массо-младший, Чен М., Баранова А.В. Медицинская геномика на Беляевской конференции — 2017. BMC Med Genomics. 2018; 11 (Приложение 1): 11.

  • 24.

    Шумный ВК. К столетию со дня рождения выдающегося эволюциониста Дмитрия Константиновича Беляева. Вавиловский журнал Генетики и Селекции = Вавилов . Дженет Брид. 2017; 21 (4): 387–91. https://doi.org/10.18699/VJ17.256.

    Артикул Google ученый

  • 25.

    Омелина Е.С., Иванкин А.В., Летягина А.Е., Пиндюрин А.В. Оптимизированные условия ПЦР, сводящие к минимуму образование химерных молекул ДНК из библиотек плазмид MPRA. BMC Genomics. 2019; 20 (Приложение 7). https://doi.org/10.1186/s12864-019-5847-2

  • 26.

    Смирнова Л., Серегин А., Бокша И., Дмитриева Е., Симуткин Г., Корнетова Е., Савушкина О., Летова А., Бохан Н., Згода В., Иванова С. Различие протеомов сыворотки крови при шизофрении и биполярном расстройстве. BMC Genomics. 2019; 20 (Приложение 7). DOI: 10.1186 / s12864-019-5848-1

  • 27.

    Павлова Г.А., Разуваева А.В., Попова Ю.В., Андреева Е.Н., Яринич Л.А., Лебедев М.О., Пеллакани С., Бонаккорси С., Сомма М.П., ​​Гатти М., Пиндюрин А.В. Роль патронина в митозе дрозофилы. BMC Молекулярная и клеточная биология.2019; 20 (Приложение 1): 7.

    Артикул Google ученый

  • 28.

    Игнатьева Е.В., Юрченко А.А., Воевода М.И., Юдин Н.С. Экзомный поиск и функциональная аннотация генов, ассоциированных у пациентов с тяжелым клещевым энцефалитом в российской популяции. BMC Med Genomics. 2019; 12 (Приложение 3): 61.

  • 29.

    Ван Р, Ван И, Чжан Х, Чжан И, Ду Х, Фанг Й, Ли Г. Иерархическая кооперация факторов транскрипции из анализа интеграции последовательностей ДНК и данных ChIP-Seq и ChIA-PET.BMC Genomics. 2019; 20 (Приложение 3): 296.

    Артикул Google ученый

  • 30.

    Li G, Cai L, Chang H, Hong P, Zhou Q, Kulakova EV, Kolchanov NA, Ruan Y. Технология и применение секвенирования хроматина с использованием парных концевых меток (ChIA-PET). BMC Genomics. 2014; 15 (Дополнение 12: S11.

    Статья Google ученый

  • 31.

    Юрченко А.А., Денискова Т.Е., Юдин Н.С., Доцев А.В., Хамируев Т.Н., Селионова М.И., Егоров С.В., Рейер Х., Виммерс К., Брем Г., Зиновьева Н.А., Ларкин Д.М.Генотипирование с высокой плотностью выявляет признаки отбора, связанные с акклиматизацией и экономически важными признаками, у 15 местных пород овец из России. BMC Genomics. 2019; 20 (Приложение 3): 294.

    Артикул Google ученый

  • 32.

    Конина Д.О., Филатова А.Ю., Скоблов М.Ю. LINC01420 Структура РНК и влияние на физиологию клетки. BMC Genomics. 2019; 20 (Приложение 3): 298.

    Артикул Google ученый

  • 33.

    D’Lima NG, Ma J, Winkler L, Chu Q, Loh KH, Corpuz EO и др. Человеческий микропротеин, который взаимодействует с комплексом декапирования мРНК. Nat Chem Biol. 2016; 13 (2): 174–80.

    Артикул Google ученый

  • 34.

    Sousa ME, Farkas MH. Микропептид. PLoS Genet. 2018; 14 (12): e1007764.

    Артикул Google ученый

  • 35.

    Федосеева Л.А., Климов Л.О., Ершов Н.И., Ефимов В.М., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л., Редина О.Е.Различия в профиле транскрипции ствола головного мозга крыс с гипертонической НИСАГ и нормотензивной крысой линии WAG. BMC Genomics. 2019; 20 (Приложение 3): 297.

    Артикул Google ученый

  • 36.

    Кожевникова О.С., Корболина Е.Е., Стефанова Н.А., Муралева Н.А., Орлов Ю.Л., Колосова Н.Г. Связь развития AMD-подобной ретинопатии с метаболическим путем при болезни Альцгеймера у крыс OXYS. Биогеронтология. 2013. 14 (6): 753–62.

    CAS Статья Google ученый

  • 37.

    Федосеева Л.А., Климов Л.О., Ершов Н.И., Александрович Ю.В., Ефимов В.М., Маркель А.Л., Редина О.Е. Молекулярные детерминанты функционирования надпочечников, связанные с стресс-чувствительной гипертензией у крыс НИСАГ. BMC Genomics. 2016; 17 (Приложение 14): 989.

  • 38.

    Иванисенко Н., Бухбиндер Ю.Х., Эспе Дж., Рихтер М., Боллманн М., Хиллерт Л., Иванисенко В., Лаврик И.Н. Определение роли взаимодействия c-FLIP / NEMO в сети CD95 посредством рационального дизайна молекулярных зондов. BMC Genomics. 2019; 20 (Приложение 3): 293.

    Артикул Google ученый

  • 39.

    Розанова И.В., Лашина Н.М., Мустафин З.С., Горобец С.А., Ефимов В.М., Афанасенко О.С., Хлесткина Е.К. SNP, связанные с устойчивостью ячменя к новым изолятам Pyrenophora teres f. teres . BMC Genomics. 2019; 20 (Приложение 3): 292.

    Артикул Google ученый

  • 40.

    Колчанов Н.А., Орлов Ю.Л. Вступительная записка к спецвыпуску БГРС-2012.J Bioinform Comput Biol.

  • Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *